为查明宙斯盾舰“爱宕”号和渔船“清德丸”相撞事件的原因，并防止同类事件再次发生，防卫省海上自卫队舰船事故调查委员会从6日下午开始进行独立调查，向“爱宕”号船员听取情况。这是事故发生16天后防卫省首次进行独立调查。由于海上保安厅也在进行调查，有可能引发防卫省与海上保安厅之间的对立。

　　防卫省事务次官增田好平在当天下午的记者会上透露，拥有搜查权的海上保安厅已通知防卫省“可以向船员听取情况”，并宣布将开始调查。

　　调查委员会的约20名成员登上了“爱宕”号，向船员听取情况。7日以后，“爱宕号”舰长船渡健以及事故发生时的值班人员、了望员以及舰桥、作战信息中心（CIC）的雷达员等将继续接受调查。发现“清德丸”的时间、在事故发生1分钟前一直进行自动航行的经过、夜间行驶时的值班体制以及交接班时是否存在问题等都将成为调查的重点。

　　20年前海上自卫队潜水艇“滩潮”号与一艘钓鱼船相撞后不久，当时的防卫厅即与海上保安厅分别进行了调查，但此后发现舰长篡改了航海纪录。正因为曾有这样的“前科”，海上保安厅此次原则上禁止海上自卫队与船员进行接触，引发了防卫省的不满。

　　此次撞船事故发生后，为了接受海上保安厅的调查，船员除部分特例外一直在停靠于海上自卫队横须贺基地的“爱宕”号上未能下船。