一、乌鱼战泥巴
虽然这次选举是国民党党内之争，但其争斗手法几乎和泛绿、泛蓝之争完全一样，极尽互揭疮疤之能事。本省人王金平团队骂外省人马英九是“非本土”、“外省党”，马英九团队则揭王金平盘根错节的“黑金”与“贿选”。一场选战下来，双方可谓“遍体鳞伤”。
7月11日，马英九阵营文宣组长吴育升召开记者招待会，大曝王金平阵营丑闻。他引用来自云林县党部员工的检举信函，指控县党部主委郑庆珍配合地方派系，违法恢复近6000名“人头党员”来参与投票，另外还有2000人隐匿不报未曝光，情况严重。吴育升称为“分批包装、逐次闯关、胆大妄为、令人发指”。吴育升还扔出了另一个重磅炮弹，指王金平阵营“贿选”，并且详细列举了王阵营开出的价码：迄今请客桌数约为6000桌，平均以一桌5000元(新台币)计算，大约就要花3000万。面对这一指控，王金平阵营先是回应：请拿出证据，然后威胁将要诉诸法律来解决此事。但随即又爆料说，他们也掌握了很多马家军贿选的证据，只是王金平一直指示不要公布而已。王金平一方举出的例子包括台北市政府招待参观翡翠水库、兵役处动用行政资源、文山区送茶叶、中正区送方块酥以“贿选”等等。
在两岸关系上，马英九一贯坚持“九二共识”，是反台独的“正蓝旗”；而王金平的表态却比较暧昧，他和李登辉、民进党的关系都很密切，国民党内不少重量级人士炮轰他“脚踩两只船”，他也曾说过不排除“台独”成为台湾未来选项之一，人称王金平为“镶蓝旗”。但是在这次选举中，他为了得到深蓝选票，反台独立场变得异常坚决，还扬言将推动把“反台独”议题纳入国民党党纲，并大言不惭地说他的反台独立场“不是一天两天的事”，令人跌破眼镜。他还在广告宣传中搞出了“3．20”当晚国亲与在野阵营在台北凯达格兰大道抗争画面。画面中，群众遭水柱猛冲，一位支持者大声怒吼，老荣民（退役军人）流泪哭喊，王金平则拿着孙中山的画像，坐在连战、宋楚瑜和新党主席郁慕明身边。这画面无疑在问：在国民党最关键的时刻，马英九在哪儿？也可以说马英九就是冲水人──那是马英九任市长的台北市“防暴队”！
王金平在民意支持率上一直落后马英九，但是通过反复表白与李登辉决裂、赴钓鱼岛海域“护渔”、四处拜票等一系列举动，支持率大幅上升。据《中国时报电子报》民意调查，今年2月的民调显示两人的差距还有三成，马遥遥领先，而到选前一周，差距已缩小到两成，在国民党员中已缩为一成八。
人们认为，这两个“一党同胞”的互揭疮疤大战，不能说是“君子之争”，而是“乌鱼战泥巴”。
二、国民党向“深蓝”挺进
虽然这次选战，王金平使马英九陷入苦战，但在开票时，选前的激烈咬合并没有在投票结果上反映出来。马英九从一开票就一路领先，横扫所有县市，最终以37万5056票、72.4%的超高得票率当选。王金平全军覆没，就连高雄县大本营也没能保住，得票率是27.6%，比马英九少了23万票。
选举结束后马英九急赴王金平处，当时王正乘车要赶回南部。据称，马英九急忙跑上去轻拍车窗喊“院长”，也有记者大声喊，“院长，市长来了！”但此时车窗已经摇上，马英九碰了一鼻子灰，尴尬到极点。虽然过后王金平致电马英九恭贺他当选，却婉拒马英九请他出任副主席的邀请。他只强调“今后将追随连主席步伐，当国民党的终身义工”，这显然有违他在选举当初“如败选愿当王副主席”的承诺，可见他在选战中伤得太深、败得太惨，心中不无怨念，这为国民党日后会否分裂留下了一个危险的伏笔。
追踪马胜王败的原因，有内因也有外因。从内因上看，马王的主席之争也是国民党的两种文化之争。马英九不靠派系，以清廉、清新、“反黑金”的形象，新的价值观、行为模式和政治风格，以及“帅哥”魅力来吸引广大求新、求变的选民，他的支持者是新兴的都市中产阶级、年轻女性等；王金平则代表国民党地方派系、大佬和农业时代的人脉网络。马胜王败，说明国民党内更新换代和改革的呼声越来越高，同时也说明本土观念在党内的渗透并不深厚。其次，在连战访大陆后的“中国热”冲击下，国民党不断向深蓝挺进，“大中华”观念深入人心，“左右逢源”的身段受到冷遇。
从外因上看，马英九的票源主要是“散票”，其特点是票源广、坚定性差，受环境影响大，因此投票率越高对马英九越有利，而王金平的票源主要靠“组织票”，数量少但是很坚定，不受环境影响。7月17日投票日，风和日丽，原本预报登陆的“海棠台风”延期登陆，使投票率高达52%以上。王金平的“组织票”优势全失，马英九的基层“散票”走势强劲。
三。马英九面临诸多难关
马英九虽然高票当选，但是从整个选举过程看，他依然面临诸多难关。
首先，他面临整合国民党的难题。马英九虽然有“人气王”之称，但是有许多人认为他是“眼中只有群众欢呼的自恋型领袖”，虽然有“不沾锅”的清廉美称，但是“水至清则无鱼”，少有政治大佬能与他和得来，不仅掌管立法院的王金平和他很难合作，连战在内心里也对他持保留态度。连战在17日上午投票选接班人，由于选票用纸太薄，摄像机镜头透视到连战印章正好盖在王金平图像上。听到这件事，马英九非常尴尬，“笑容僵得像僵尸”。
第二，整和泛蓝阵营是一个难题。马英九一向瞧不起亲民党主席宋楚瑜，在他竞选市长连任时，宋楚瑜连一封竞选总部成立的邀请函都拿不到，想去帮他助选，又不受欢迎，最后宋楚瑜为他下跪拜票，马英九的幕僚长却说：“这一跪，跪跑了多少票？”这些年来，一提起马英九，宋楚瑜心中只有恨与痛，在下届总统中绝不会出现“马宋配”的局面。这次马王竞选，宋楚瑜去美国之前特意为王金平录制一盘和王金平“携手并肩”的录像带，为王金平助选，他的爱将们也纷纷去为王金平站台助选，与马英九拉开了距离。
第三，怎样整合两岸关系。马英九在这次竞选中提出了“国民党两岸关系不变”、“和对岸建立50年和平协议”、“当选后将访问大陆”等施政方针。马当选后，大陆胡锦涛发去了贺电，表示祝贺。马英九坚持“一个中国”立场，但反共倾向亦很浓厚。今年3月他反对大陆通过“反分裂国家法”而遭香港拒签；他还每年参加“六四”纪念活动；2002年，他参加法轮功心得交流会也被媒体大幅报道。为此，如何保持“民主、自由斗士”的“明星效应”和如何搞好两岸关系，是他进入新角色后无法回避的二律背反。
第四，如何在2008年总统大选中取胜。以他的“深蓝”身份，没有王金平的合作，如何赢得中间层和“浅绿”的支持？没有宋楚瑜和亲民党支持，仅凭国民党单枪匹马，能否选赢“泛绿”？这对他来说都是难以逾越的难关，国民党最终是重夺政权还是变成“万年野党”，也都在马英九的举足轻重之中。
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数据链接一：
中国国民党历任领导人
第一任：总理孙中山(1904年8月-1925年3月)
第二任：总裁蒋介石(1938年3月-1975年4月)
第三任：主席蒋经国(1975年4月28日-1988年1月13日)
第四任：主席李登辉(1988年1月27日-2000年3月24日)
第五任：主席连战(2000年3月24日至今)
数据链接二：
马英九简历
1950年7月13日出生，原籍湖南省衡山县。台湾大学法律系毕业，美国纽约大学法学硕士、哈佛大学法学博士。
1981年：美国马里兰大学法学院研究顾问，美国波士顿第一银行法律顾问，台湾总统府第一局副局长。1982年：总统府秘书。1984至1988年：国民党中央党部副秘书长。1988至1990年：行政院研考会主委，大陆工作汇报执行秘书，国民党十三届中央委员。
1990至1993年：大陆工作委员会副主委兼发言人。1993年：法务部长，国民党第十四届中央委员。1996年：行政院政务委员。1998年：当选台北市市长。2002年：连任台北市市长。2003年：当选国民党副主席。
2005年7月：当选国民党主席。