自香港回归祖国、特区终审法院成立之时，即担任司法机构之首的首任特区终审法院首席法官李国能，决定提早于明年8月31日退休，并获特区行政长官曾荫权接受。李国能表示，自己任首席法官明年即届13年，而未来数年多个即将退休法官的接任安排更应由新的首席法官处理，因此自己提早退休符合司法机构的最佳利益。他又说，特区政府一直支持和尊重司法独立，部分人指自己提早退休是基于政治因素的说法“完全荒谬”；他更对香港未来的司法独立有“绝对信心”。

　　李国能于9月2日下午在特区终院门外会见传媒，宣布提早退休决定，并形容自己出任第一任特区终院首席法官，是“一生最高的荣誉”。李国能在解释是次被外界形容为“突然”的决定时，指自己基于3大理由而提早退休。首先，他和特区终院3名常任法官，都会先后于2012至2014年间届正常退休年龄，而数名高等法院法官亦将于2011至2014年间届正常退休年龄。身为司法人员推荐委员会主席，他认为自己有责任先处理好继任安排：“这些继任安排应由一位新的首席法官去处理，不适宜由一位将于同一时间退休的首席法官去处理；这种做法可纾缓法官的继任安排。其次，他表示，明年8月31日，他已出任首席法官13年，”认为，13年后，司法机构换一个新领导，是一件好事“；而其三，他称，届时自己亦已工作超过37年，故提早退休亦符合他的个人意愿。退休后，他会退出公职生涯，将来只会以“普通市民”的身份，去维护香港法治。

　　在任期间，李国能处理过不少具争议的宪制议题，尤其港人内地子女声称拥有居港权的判决，最后经由特区政府提请人大释法而“一锤定音”，引发社会就“司法独立”热烈讨论，有人质疑他是次提早退休与之有关。李国能强调，自己在作决定时已考虑了一段时间，没有任何不愉快事件令他作出此决定：“我提早退休是否因为释法或不合作等问题，如果有人这样想，这是完全荒谬的讲法。”