台北地方法院7月10日召开有关陈水扁的延长羁押庭，并于13日做出裁定，将陈水扁自26日起延长羁押2个月，并驳回公设辩护人替陈水扁声请的停止羁押，陈水扁与公设辩护人曾德荣、唐祯琪不服，15日晚间提出抗告。

台湾高等法院21日驳回陈水扁的抗告。其中关于犯罪嫌疑重大部分，法院认为，检察官所提出的证据具有表面可信的程度就已经足够，且同案被告中有多人坦承犯罪、或是请求进行认罪协商，相关笔录与证据足以认定陈水扁犯罪嫌疑重大。

在逃亡之虞部分，法院认为陈水扁是卸任领导，他的随扈是基于礼遇及保护之目的，并没有监管行踪甚至通报司法机关的责任，更不能限制被告的行动。因此，法院认为公设辩护人以陈水扁有随扈保护，有看管之实，绝无逃亡可能，难以采信。

对于前总统府专委陈心怡去年7月2日以速件处理方式，帮陈水扁向涉外部门申办护照，陈水扁表示自己申办护照，只是因为“单纯被动受邀”等语。但法院认为，陈水扁出境的行程并不是机密性行程，但时任办公室主任林德训竟不知情，已有可疑之处，况且如果是邀访演讲，何必仓卒成行？

台湾高等法院认定陈水扁虽然没有逃亡的事实，但依照具体个案之情况事实，可合理认定陈水扁有意逃避刑事追诉、执行，且已经有具体事实可认被告有逃亡之虞。

此外，法院指出，陈水扁在“国务机要费”前案与本案侦查期间，有与前总统府副秘书长马永成等人串供的具体事实，前国防部副部长柯承亨也因泄密罪遭起诉，都可以证明陈水扁有勾串证人的事实。

法院表示，陈水扁在任时还曾召集所谓刑法学者、法界先进共商将“国务机要费”案，并将案中的主要证据资料核定为机密，企图妨碍诉讼进行。

法院认为，陈水扁家至少还有新台币5亿7000万元巨款流向不明、有待追查。衡量陈水扁在知道洗钱情事被发觉后，随即积极藏匿、结清账户的行为，足以认定陈水扁对于曝光的赃款，有变造、湮灭证据之情事。

在停止羁押的抗告驳回裁定书中，台湾高等法院表示，陈水扁的身体不适是来自于自己不正常进食所导致，目前陈水扁的状况，也还没有达到“非保外就医显难治愈”的法律要件，因此，驳回陈水扁停止羁押的抗告。