司法院公务员惩戒委员会7月18日指出，前国安会秘书长邱义仁、前外交部长黄志芳在处理巴纽案过程中违失情节重大，公惩会下午议决将两人撤职，并停止任用两年。

巴纽建交案是邱义仁于95年8月间指示黄志芳办理，并指派与中间人金纪玖联系，同年8月12日由中间人金纪玖、吴思材陪同访宾与黄志芳洽谈建交事宜，之后外交部于同年9月14日将2980万美元汇入金纪玖、吴思材两人于新加坡华侨银行的联名账户内。但巴纽总理索马利于95年10月间明确表示，现阶段巴纽不愿与台湾建交后，黄志芳要求金、吴两人还钱被拒，钜额建交公款遭侵吞。

公惩会指出，邱义仁在国安会秘书长任内违反政府体制，逾越权限，迳指示外交部与民间人士办理中国与巴纽建交事宜，事前未严查金纪玖的忠诚与品格，导致2980万美元钜额公帑遭侵吞，弊案发生后又未能透过国安系统积极迅速寻找金纪玖下落，错失追款先机，实有重大违失。

公惩会表示，黄志芳明知以金援方式与巴纽建交具高度风险，却未依外交部机密经费审核注意事项等相关规定汇拨援款，并建立安全控管机制，确保援款安全。

公惩会指出，审酌邱义仁、黄志芳处理国家重大外交政策事宜，严重失察于先，并在发现建交变卦之际，又未能迅速补救于后，议决将两人撤职并停止任用两年。