据悉，这部电影的第一主题仍然是人与自然的关系，但宫崎骏在其中加入的亲子关系也感人至深。有观众在试映会后甚至表示，自己也很想马上生个孩子。
与宫崎骏之前几部作品如《千与千寻》和《哈尔的移动城堡》相比，《悬崖上的金鱼公主》的世界观和主题似乎都更加单纯一些，没有那么惊天动地，只是讲述了想变成人类的金鱼公主Ponyo和5岁男孩宗介的故事。
电影的创作始于2006年春天，在此之前的一年里，宫崎骏曾经在日本的濑户内居住过一段时间，并为当地的海景而沉溺。也许就是那个时候，这个金鱼公主的故事已经浮上宫崎骏的心头了吧。少女与少年、爱与责任、海与生命，在宫崎骏的自述中，他想用这部电影描绘出这些最原本的概念，面对这个“神经病和不安的时代”。
据看过试映的观众说，《悬崖上的金鱼公主》里的亲情部分十分感人。宫崎骏在绘制宗介这个角色时，藉鉴了自己孙子平时的一言一行。将自己的家庭和感情投入到电影中去，恐怕是他的第一次。
曾几度宣布封笔的宫崎骏，理由其实都是觉得自己已经到达极限，无法再创造出更新的画面和故事。面对电视镜头时，他自己也说出了“因为我已经无法再青春了，每一天都感到极限正一步步逼近”。2006年2月，在伦敦看到的一幅油画改变了他的想法。他用一盒粉笔代替铅笔，画出了第一张场景图，并将其命名为《金鱼公主来了》。回忆起创作的当时，他说：“如果在这里加上阴影，在那里加上高光，可能效果也不错。但我就是不想这么做。一定要做出一部不同以往的剧场版。”
至于何时在中国上映，片方表示还有待商讨。