在各方为化解人质危机而四处奔走时，巴勒斯坦绝大多数派系6月27日突然宣布就备受争议和关注的“狱中协议”达成最终共识，巴民族解放运动（法塔赫）和伊斯兰抵抗运动（哈马斯）同意在未来的两周内共组联合政府。
　　巴民族权力机构主席阿巴斯领导的法塔赫和哈马斯政府在紧急会议后，向记者宣布这一项进展。分析人士认为，“狱中协议”的内容事实上是“含蓄”承认以色列的生存权，这是西方国家恢复它们对巴勒斯坦援助的条件。不过，哈马斯坚持拒绝承认以色列。哈马斯发言人祖赫里指出，该文件中有明确的条款提到“不承认以色列占领的合法性”。
　　“狱中协议”是被关押在以色列监狱中的巴勒斯坦多个派别领导人于5月11日联名签署的一份内含18点建议的文件，包括在1967年被占领土上建立巴勒斯坦国和组建包括巴各派在内的民族联合政府等内容。由于执政的哈马斯拒绝接受暗含承认以色列内容的“狱中协议”，并反对就该协议举行全民公决，历时数周的马拉松式对话会议始终没能取得重大进展。
　　但在以色列大军压境之际，法塔赫和哈马斯就“狱中协议”达成的共识并未阻止以军出兵加沙地带。被绑架以色列士兵的命运不仅关系到哈马斯的执政地位，而且也使阿巴斯的政治地位面临挑战。
　　此次绑架事件是哈马斯今年3月上台以来中东面临的最大危机，同时亦是以色列总理奥尔默特5月上任后面临的首次重大挑战。他上任时曾扬言不同巴勒斯坦人谈判，并准备单方面划定以色列版图。
　　在巴勒斯坦主要派别中，只有伊斯兰圣战组织（杰哈德）拒绝接受协议。杰哈德发言人表示：“我们已宣布，拒绝接受协议中的某些条款，并对其他一些条款持保留意见。”