3月3日，印度尼西亚法庭以合谋参与2002年巴利岛爆炸案的罪名，判处东南亚恐怖组织伊斯兰祈祷团精神领袖巴希尔入狱两年半，但他另外3项更严重的恐怖活动指控却被判无罪。
　　本案法官共有5人。法官表示巴希尔虽然没有直接策划巴利岛或2003年雅加达万豪饭店的爆炸，但他批准发动爆炸袭击。法官也裁决说，控方无法证明巴希尔涉及雅加达万豪酒店爆炸案，或是煽动支持者展开恐怖袭击。
　　虽然巴希尔多项恐怖活动指控被判无罪，但他合谋参与巴利岛爆炸的罪名最终成立。巴利岛爆炸导致200多人死亡，大部分是游客，包括88名澳大利亚人。由于巴希尔在审讯期间已入狱10个月，这意味着在扣除已被扣押的日子后，他有可能在明年10月就变成自由人。
　　在判决之后，原被告双方都表示不满并考虑上诉。巴希尔的辩护律师表示将向高等法院上诉，声称这次判决“具有政治动机”；他们原以为法庭会宣判“无罪释放”，因此指责美国向印度尼西亚施压。
　　由于巴希尔案的高度敏感性，印度尼西亚方面对审判的安全工作非常重视。当天，上千名巴希尔支持者涌到雅加达南区的审案法庭外表示声援。警方也出动上千人到法庭一带维持秩序，并允许上百人进入法庭。
　　美国和澳大利亚对这次判决结果都感到不快。美国驻印度尼西亚大使馆发言人称：“我们尊重印度尼西亚法庭的独立与裁决，可是由于他被控的严重性，我们对判决感到失望。”澳大利亚外长唐纳则希望印度尼西亚控方能够上诉，他说：“我们希望判决（坐牢）能长一点。”