台湾总统陈水扁领导民进党在立法院选举失败后，于12月14日宣布辞去民进党主席以示负责。他在党中常会召开前宣读讲稿时，呼吁党内团结，并希望在野党能理性监督政府。虽然他承认选举失利是因为操作过于急切，但是强调不会放弃让台湾成为“正常国家”的努力。陈水扁在宣读讲稿时虽然面无表情，但读稿时数度停顿哽咽，眼眶潮湿，显然掩饰不住内心的悲苦情绪。
　　在为选举失败向同志和支持者深深一鞠躬后，陈水扁说：“为了负起完全的责任，所有的责任，阿扁在此向中常会正式请辞党主席的职务。”他表示，今后将扮演好“全民总统”的角色。除了民进党主席将换人，根据过去一贯做法，内阁改选是肯定的。
陈水扁领导选战失利也引爆了民进党内的接班问题。由于有意问鼎下届民进党总统候选人的“三王一后”都不愿意接任党主席，民进党中常会最后让立法院党团总召柯建铭暂时代理主席，下一周再讨论主席改选事宜。
　　被看好是未来接班人选的副总统吕秀莲、行政院长游锡坤、秘书长苏贞昌和高雄市长谢长廷都拒绝接任党主席。无党籍立委陈文茜指出，接班人在意的是有实权的行政院长职位，而不是“阳春面”的党主席。
　　民进党固然在立法院选举中无法过半，但是仍然赢得多两席立委，得票率和得票数也增加，陈水扁在表示“输了就是输了”的同时也说：“民进党对于理想的坚持，对于人民的承诺永远不会改变，三个不变的坚持是：第一、坚持民主改革的理想不会改变；第二、坚持台湾主体意识的主流路线不会改变；第三、坚持让台湾成为一个正常、完整、进步、美丽而伟大的国家，这样的使命不会改变。”
除了面对党内的权力困局，在野党继续掌控立法院也构成陈水扁的另一个挑战，质疑陈水扁在319枪击案自导自演的在野党，预料将加强追查工作。此外，国民党主席连战提出由党副主席江丙坤组织新内阁的建议，使朝野的权力分配与妥协成为考验陈水扁的另一议题。但陈水扁看来不准备让出组阁权。
　　另根据《联合报》13日公布的民调，陈水扁的满意度跌落到34%，是他上任来的最低点，而不满意度上升到51%的新高点。