对陈水扁遭收押入监，台湾马英九总统11月12日回应说，他对这个案子的态度就是“尊重司法，哀矜勿喜”(指对犯罪者有怜悯之心，不可幸灾乐祸)，至于会不会特赦陈水扁，马英九没有正面回答，只说在法院定罪前，陈水扁都是无罪之身，他现在不能假设如果陈水扁有罪要怎么处理，“只有静待司法判决，没有第二条路可走”。

马英九12日接受台湾飞碟电台专访，陈水扁遭收押入监当然成为焦点话题，对阿扁指他下令收押以向大陆“交代”，马英九说，他完全没有干预该案的侦查，这是他的一贯风格。马英九说，他不会干预，也不会去刺探内情，还说他对案情的了解完全是透过传媒的报道，“我的了解可能比你(主持人)还少”。

在专访同时，陈水扁正被押往台北土城看守所，当主持人插播这则消息时，马英九还纠正主持人说阿扁坐的不是“囚车”而是“警备车”，因为阿扁现在还是疑犯，不是囚犯。

此外，对阿扁声称是“政治迫害”，马英九指出，政治人物如总说人家对他政治迫害，是不负责任的说法，最后会让人民不相信司法。