对陈水扁遭收押入监,台湾马英九总统11月12日回应说,他对这个案子的态度就是“尊重司法,哀矜勿喜”(指对犯罪者有怜悯之心,不可幸灾乐祸),至于会不会特赦陈水扁,马英九没有正面回答,只说在法院定罪前,陈水扁都是无罪之身,他现在不能假设如果陈水扁有罪要怎么处理,“只有静待司法判决,没有第二条路可走”。
马英九12日接受台湾飞碟电台专访,陈水扁遭收押入监当然成为焦点话题,对阿扁指他下令收押以向大陆“交代”,马英九说,他完全没有干预该案的侦查,这是他的一贯风格。马英九说,他不会干预,也不会去刺探内情,还说他对案情的了解完全是透过传媒的报道,“我的了解可能比你(主持人)还少”。
在专访同时,陈水扁正被押往台北土城看守所,当主持人插播这则消息时,马英九还纠正主持人说阿扁坐的不是“囚车”而是“警备车”,因为阿扁现在还是疑犯,不是囚犯。
此外,对阿扁声称是“政治迫害”,马英九指出,政治人物如总说人家对他政治迫害,是不负责任的说法,最后会让人民不相信司法。