台湾总统陈水扁11月16日重提“柔性政变说”，再次强调在野党试图在总统大选后以非法方式推翻政府。国亲两党随即表示，要民事控告陈水扁，并要求他在国际媒体登广告还国民党主席连战及亲民党主席宋楚瑜清白。台湾国防部发言人黄穗生少将在例行记者会上，被记者一再追问政变说后动怒，表示对总统的说法及民进党立委李文忠的指控“毫无所悉”。
　　陈水扁当天在民进党中常会指出，他已经掌握政变过程的相关当事人，当事人也确认有此事。他指控：“有退役将领强力劝说现役高级将领，要求他们称病住院及提出辞职，企图造成军心的浮动，扩大选后社会的动荡”。陈水扁强调“事情绝对不是空穴来风，相关的人、时、地阿扁都亲自查得清清楚楚，相关当事人也都承认”，他并没有提供进一步的详情。
　　陈水扁指控连宋阵营在选后多次召开记者会，要求外国政府干预选举结果，透过政党网站呼吁军队“揭竿起义”，某政党领袖扬言要率众冲进总统府，并引述大陆国台办关于北京不会对台湾社会动荡“坐视不理”的谈话，指责在野党试图与中共“里应外合”。“终结连宋之乱”是民进党在年底立法院选举的主轴之一。
　　国亲两党立法院党团随即联合召开记者会，指责陈水扁的说法是不实指控，将代表连宋对陈水扁提出毁损名誉的民事诉讼，求偿新台币1元，并在各主要国际媒体刊登道歉启事。亲民党党团指责陈水扁“柔性政变”说是“诈骗的说法，让台湾蒙羞”；国民党党团表示，选前一天的枪击案才是“刚性政变”。国亲代表律师已经正式提起诉讼。
　　国防部对身为三军统帅的总统提出“柔性政变”立场尴尬，发言人黄穗生说：“总统讲的内容我们毫无所悉，总统特别讲即使有（政变），国军将领在军队国家化之下，根本就没有动，总统对国军只说军队已经国家化，没有任何负面说法。”台湾的《苹果日报》社论则罕见地以“陈水扁不够格当总统”为题，批评陈水扁“政变”说是不负责任的做法。