台湾最高检特侦组9月25日在扁办查扣到十一箱和国安局有关文件中，发现除国安日报等公文书外，竟还包括现任国安局长蔡朝明亲笔拟稿、盖印私章的国安情报。检方质疑，蔡朝明私下向扁通报公务机密，未依正常公文流程，也没留下文号等纪录，心态和做法恐和已被收押的前调查局长叶盛茂一样，都是向扁个人输诚，而非效忠社会。

对于陈水扁带走国安日报等文件是否违法，蔡朝明10月6日在立法院答询时说，国安日报和国安周报包括各单位所有的研究专案、专报和重大情资，当然是情报文件，扁带回后没缴回，就算违法。

但检方却查出，蔡朝明疑似知法犯法，在担任扁政府的国安局长时，也曾亲笔拟稿、未循正常公文流程向扁通报国安机密，这份文件已在扁办被搜出，特侦组将待国务机要费等案告一段落后，另案侦办蔡是否涉及泄密。对此，国安局说，该案已进入司法程序，不便表示意见。

据了解，这份在2004年3月前制作的文件上，没有文号、也没有其他国安局官员的官职章，只有蔡盖印私章，检方不愿具体说明蔡向扁通报的事项内容。专案小组透露，除蔡朝明及叶盛茂私下向扁通报公务机密外，其他包括军情局、外交部及部分派驻外馆使节，也有类似情况，甚至扁卸任后，都还有政府高官向扁通报特侦组仍在调查的侦查机密，显示至今仍有官员对扁非常死忠。

检方表示，扁搜集相关文件的目的，据说是为写回忆录，但两人可能都没料到，这些机密文件竟成卸任后遭法办的关键证物。