台湾卫生署突然宣布比照香港规定，放宽食物含三聚氰胺标准，引起各方严厉批评，并导致卫生署长下台。

卫生署原本以食物不得检出三聚氰胺的标准，要求含中国进口乳制的食品全部从市场下架接受检验，但在一天以内政策转变将标准改为与香港相同，只要含三聚氰胺不超过2.5ppm，即属合格食品。

有官方态度的迅速转变，商家表示他们无所适从，同时也引起了消费者团体与食品安全专家的严厉批评。

卫生署长林芳郁在各方责难下宣布下台，他表示事件造成民众误解不安，同时也使台湾社会对食品安全疑虑，因此下台负责。

台湾的食品安全与毒物专家多数反对放宽标准，他们说作为工业用途的三聚氰胺不应出现在食物中，卫生署突然定出容许食用标准令其无法理解，也不知其2.5ppm标准从何而来。卫生署则说，这项标准不是直接套用香港的规定，也参考了欧盟与美国的研究数据。

除了香港以外，欧盟与美国在内的全球国家都未针对三聚氰胺规定安全食用标准；台湾学者表示，未定标准意谓的是食物内不得检出此一成份，而不是可容许随意加入。毒物专家也质疑，如果定出三聚氰胺可容许食用标准，那么已检出有毒的奶粉只要混入正常奶粉，把三聚氰胺稀释到食用标准内，是否就可以贩卖？

一些被检出含三聚氰胺并已销毁商品的商家则说，政府标准一变再变令其无端受损，将申请国家赔偿。