马英九撤回大选期间的诽谤诉讼，但对陈水扁公务机要费案的审理，态度转趋强硬。据指出，总统府在7月底正式回函最高检察署，将审理卷证由陈水扁核定的绝对机密变更等级为极机密，以利案件审理。

　　据报道，由于外界压力很大，府方研商后，在7月底以秘书长詹春柏名义回函高检署，同意将相关卷证由绝对机密变更为极机密，虽然是由詹的名义回函，但马英九的态度已相当明显。总统府也对公务机要费案的卷证逐一进行清查，如果确定形式违法，除变更机密等级外，也不排除依卷证性质有进一步的解密或注销动作。

　　国民党中常委洪玉钦、李全教、陈钉云等也在中常会上建议马英九，应尽速把公务机要费解密。陈钉云直言，公务机要费不解密，基层会认为马英九有意包庇，不符合多数民众对清查弊案的期待。党主席吴伯雄主动透露，国务机要费的解密问题，7月底会有消息，会有所解密。