马英九尊李动作频频，但李登辉被爆加入民进党“公投讨（国民）党产”连署行列，引发深蓝反弹甚大，国民党部分立委纷纷开炮。

　　国民党立委帅化民批评，新党与亲民党出走，都是在李登辉主政时期造成的。帅化民自认代表大多数泛蓝民众心声，若国民党真的尊李，当然会引起党员的不满情绪。立委李庆安说，李登辉时期，褒贬都有，但李登辉时代留下的“黑金恶习”，是使国民党沦为在野党的主要因素。加上李登辉被日本同化、台湾认同有问题，万一哪天李又反手攻击马，马反而会“得不偿失”。立委洪秀柱对马“尊李”也持保留态度。此外，党务组织系统也认为，若马过度尊李，会让深蓝投票意愿降低，对马的总得票数恐有影响。

　　不过，国民党中央因为理解马英九的选举策略，基本上支持马的决策，但为顾及党员反应，党和马对李的态度，最后仍有所区隔，即国民党对李“不战不和”。国民党主席吴伯雄表示支持马英九“尊李”。他说，选举就是敌人越少越好，朋友越多越好，要“广结善缘”，争取可以结合的朋友，不会强调针对某个人。

　　台媒指出，马英九对李登辉的态度，其实是“一路走来始终如一”。蒋经国去世后，李登辉继任，马短暂当过李的英文秘书，两人有最直接的互动。这种情谊在当时有其意义，后来李连决裂，李离开国民党，马未曾说过李一句不好听的话，李也对马远较连宋温和。

　　马阵营深知，马选“总统”，有其先天省籍上的劣势，但解套的关键却是在李登辉。1998年马英九第一次选市长，李登辉在最后造势举起他的手喊出“新台湾人”，让陈水扁黯然落选；从此马英九迈开大步，奔驰政坛，在马内心深处，他是感激李登辉的。2008年大选，蓝绿泾渭分明，深绿深蓝各拥其主，马英九选择尊李，也是意图在蓝绿板块中，寻找中间地带的模糊空间。就战略意义来说，李登辉现在未必是深绿教主，但他对国民党本土派仍动见观瞻，马维持尊李基调，对他大选布局有利无害。