台湾新任内阁在5月21日正式就职，内阁阁员在新任行政院长张俊雄的率领下，在总统府宣誓就职，随后在行政院办理联合交接。这是民进党执政7年半以来第六度更换行政院长，新任院长张俊雄此前在2000年担任过行政院长，在这次二度接任院长前，他担任海基会董事长。

行政院副院长一职则由邱义仁接任，他在民进党执政后的多数时间担任国安会秘书长；行政院秘书长一职则由陈景峻出任，他原本是立法委员。

这次台湾内阁人事改组的幅度并不大，在主要的8个部之间，仅国防部长被更换，其它包括内政外交经济等7个部长人事则保持不动。张俊雄此前通过三波的人事宣布，其更换的部会人事如下：国防部长：李天羽；文建会主委：翁金珠；劳委会主委：卢天麟；新闻局长：谢志伟；原子能委员会主委：苏献章。

这次台湾行政院的人事改组，由于正副院长张俊雄与邱义仁此前工作都与两岸事务有关，而被外界视为这样的安排可能有突破两岸僵局的目的。陈水扁此前表示，担任过海基会董事长的张俊雄是最了解两岸事务的行政院长，希望他早日完成大陆观光客与货运包机协商，同时在不矮化台湾主权地位下，积极协商奥运火炬到台湾事宜。

时事评论分析说，由行政院人事安排来看，可能是要在两岸问题上有一番作为，也有2008年总统选举的考虑，但若为选举而对两岸政策进行立场反覆的短线操作，只会被北京更加看轻，对台湾反而是危险的作法。据估计，民进党政府在选举考虑下，可能在两岸议题上放软身段，希望完成大陆观光客到台等协商，但北京不会配合给民进党政府好处。

民进党执政后已更换过六任行政院长，同时部会首长的变动也相对频繁，这样的作法也引来批评是在政治上短线操作，看问题不够远。台湾在国民党长期执政下，公务人员多数加入蓝营，这些调动频繁的民进党部会首长，指挥公务系统原就不易，往往在进入状况后又被撤换，这是民进党执政后被批评无能的主因。