国民党前主席马英九在台北市长任内特别费案4月3日首度开审，马英九与其秘书余文在法庭上都否认控罪，两人都表示没有贪污。马英九与余文上个月同遭检察官起诉，检方表示两人是分别犯罪，两人都遭贪污罪起诉，余文以假发票为马英九报账部份，另遭伪造文书起诉。

马英九向法庭表示不认罪后并且向法官作了约10分钟的陈述，他引述台湾杂志此前将他列为地方首长清廉度第一的民调，表明自己不是贪污者，虽有会计作业疏失，但没有犯罪意图。马英九在台北市长任内的秘书余文也表示，他在马英九身边工作期间，没有贪污过1毛钱。台北地方法院下次开庭时间预计在4月17日。

马英九出庭时显得有些紧张。法官当庭讯问马英九是否认罪，马英九坚持不认罪，并提出47页的答辩状，他要求法官给他10分钟辩驳。庭讯中马英九说：“检察官侯宽仁误导我答话，并扭曲事实”。马英九在庭上表示，他日理万机，特别费等细目都由会计人员处理，他强调，会计人员有疏失，但无不法犯意。庭讯中马英九也说，首长特别费是实质补贴，而他唯一的错误是陷会计人员于不义。

马英九和前台北市政府秘书余文齐声喊冤，均不认为犯罪。马英九说，特别费用领据核销部分，是国家给他的津贴，从1988年担任公务员以来，一直都认为领用核销的特别费不是公款是私款。马英九除以此为基调，更提出了大法官对于特别费案解释及南检不起诉处分，花了近10分钟为自己辩护，马英九强调“无法接受”检方起诉。马英九强调，在检察官调查前，他从未看过相关单位有关特别费函文内容。

辩护律师宋耀明表示，检察官起诉理由是马施行诈术诈领市长特别费，他们有证据不是施行诈术，也有证据马英九将特别费申报为个人财产，不是侵占公款。宋耀明说，此案两个主要争论点包括主观上是否有犯意，以及领据核销特别费的客观认定；他还表示，马英九对自己的清白有信心。

马英九的辩护律师团共有3名律师，3人都是司法官出身。台北地方法院审理此案的3名法官，正好是审理第一夫人国务机要费案的同组法官。不过相对于国务机要费案审判开放礼堂转播法庭实况供大众观看，马英九的特别费审判并未有相同作法。

马英九在步入法院大楼时，除了大批媒体守候外，场外也聚集了一些泛蓝与泛绿支持者，立场不同的群众且彼此叫阵。泛蓝支持者高喊“马英九清白”，泛绿支持者则以宣传车回以“马英九还想选总统不要脸”。

马英九表示，即使特别费案一审被判有罪他也将参选总统到底。马英九若被判有罪贪污罪的法定刑期至少7年，不过检察官起诉时指出马英九犯罪后捐款态度良好，请法官从轻量刑。