香港中文大学亚太研究所副教授王家英认为，马英九能否顺利参选有两个变数，一是国民党会否让马英九代表国民党参加总统大选，如果他以独立身分参选，意味著泛蓝阵营分裂，对马英九选情不利；二是起诉案能否尽快解决，如果拖延太久，将对马英九竞选拉票构成压力。

本来，北京当局将泛蓝阵营重新执政的希望寄托在马英九身上，现在马英九被起诉，北京担心会影响2008年大选结果，使北京对国民党能否重新执政感到悲观。

不过，王家英强调，目前北京当局在台湾问题上面对的最大挑战并非马英九问题，而是台湾的正名运动及修宪问题。