台湾高检署查黑中心在经过半年多的侦查后，2月13日下午将国民党主席马英九在台北市长任内的特别费案，以利用职务机会诈取财物的罪名，依贪污治罪条例起诉。

马英九若遭判刑确定，将面临7年以上的有期徒刑，但检察官并未具体求刑。检方表示马英九在案发后捐出1000多万台币，请法院审酌他的犯罪后态度予以从轻量刑。高等法院检察署表示，马英九在市长任内，以领据取得1000馀万台币的特别费，这笔原本应用于公务支出的款项，被马英九占为己有，并且向监察院申报为个人财产。

马英九的特别费一部分是以领据领出，并不需要单据请领；特别费另外需要以发票单据请领的部分，爆出其秘书余文用假发票报账，余文被检方以同样罪名起诉，检方并要求法院对余文从重量刑。检察官表示，马英九与余文并无共犯关系，两人是个别犯罪。

高检署说，在清查相关金钱流向的过程中，是以“罪疑惟轻”的原则来认定特别费支出，但在此宽松标准下，仍然查出马英九领取1117万6227台币的特别费根本未支出，并纳为己有。高检署表示，马英九在应讯时供词前后不一致，前两次应讯时都说他了解特别费是公款，已用于公务与公益支出，但第三次应讯时则改称他误以为特别费是私款，并无不法所有的意图。检方指出，马英九在案发前之言论与客观作为也显示他有同样的主观认知，但他却使会计人员陷于错误而给付特别费，显有诈术实施与不法所有之意图。

分析人士指出，马英九在市长任内特别费遭到调查，其清廉形象受到重创，他一些前后不一致的说法，也使其政治形象受到进一步打击。马英九在案发后捐出1000多万台币，虽在法律上可能得到法院从轻发落，但是在政治上他受到民进党指责，这种作法等于是小偷犯行被发现后，把赃物还出来。

马英九过去曾经是民调中台湾最受欢迎的政界人士，支持率曾经高达70%以上，但在特别费案爆发后，近期媒体所做的民调显示马英九的支持率下滑到40%。

检方宣布起诉之前，马英九接受《东森新闻》访问时强调：“我讲究清廉，不贪财、不收礼，我没有犯罪的意图、也没有犯罪的事实，为什么被认为犯罪？如果因此被起诉，我很难接受。”目前，各界普遍关注如果马英九辞去国民党主席，2008年台湾总统选举的选情将如何发展。