台湾军方权威透露，台湾陆军导弹指挥部将编成为“飞弹司令部”（台湾所指的“飞弹”即中国大陆所说的“导弹”），并由陆军改隶直属国防部，成为独立的“第四军种”，相当於中国大陆解放军的“二炮部队”。根据最新改编计划，到2012年，台湾外岛兵力将大幅精简到仅部署一个联兵旅。
据悉，国防部计划编成的“飞弹司令部”，将统筹“远距导弹、精准导弹及防空导弹战力”，陆军现有的爱国者、天弓、鹰式等二十馀个导弹连，均将纳入。未来采购的爱国者导弹、远程预警雷达等装备，也将编於导弹司令部。“飞弹司令部”的设立，是台军“军事事务革新”第一阶段精进案组织变革中惟一扩编并达“司令部”位阶的部队，导弹司令一职将提升为中将编阶，显示军队积极建构反导弹战力与先制攻击的决心。军方表示，导弹部队是继陆、海、空三个军种後的“第四军种”。台湾陆军总部9月9日向国防部简报地面部队组织变革构想，除了飞指部改隶“飞弹司令部”外，台湾本岛守备旅均移交给後备司令部；陆军作战署与情报署将合并；并充实特战、核生化与电子战部队。陆军兵力在交出导弹部队与守备旅等单位後，到2007年，兵力将由现在的19万精简至16万人。
在第一阶段，台湾外岛兵力精简幅度不大，重点置於战斗部队实编，并裁撤动员与基干部队。由2007年起，外岛兵力将大幅调整，至2012年，兵力将精简为一个联兵旅，仅有约5000至7000人驻守金门、马祖、澎湖等外岛。台湾国防部长汤曜明指示，外岛终将成为非军事化区。据指出，外岛地区非军事化，最终是个政治问题，站在军事立场，军方能做的就仅止於兵力规划，故计划外岛兵力未来降至一个联兵旅，作为“象徵性”部署。至於最终是否撤军，则由政治决定。不过，外岛现阶段“防卫固守”的战略指导并无改变。
据悉，国防部计划编成的“飞弹司令部”，将统筹“远距导弹、精准导弹及防空导弹战力”，陆军现有的爱国者、天弓、鹰式等二十馀个导弹连，均将纳入。未来采购的爱国者导弹、远程预警雷达等装备，也将编於导弹司令部。“飞弹司令部”的设立，是台军“军事事务革新”第一阶段精进案组织变革中惟一扩编并达“司令部”位阶的部队，导弹司令一职将提升为中将编阶，显示军队积极建构反导弹战力与先制攻击的决心。军方表示，导弹部队是继陆、海、空三个军种後的“第四军种”。台湾陆军总部9月9日向国防部简报地面部队组织变革构想，除了飞指部改隶“飞弹司令部”外，台湾本岛守备旅均移交给後备司令部；陆军作战署与情报署将合并；并充实特战、核生化与电子战部队。陆军兵力在交出导弹部队与守备旅等单位後，到2007年，兵力将由现在的19万精简至16万人。
在第一阶段，台湾外岛兵力精简幅度不大，重点置於战斗部队实编，并裁撤动员与基干部队。由2007年起，外岛兵力将大幅调整，至2012年，兵力将精简为一个联兵旅，仅有约5000至7000人驻守金门、马祖、澎湖等外岛。台湾国防部长汤曜明指示，外岛终将成为非军事化区。据指出，外岛地区非军事化，最终是个政治问题，站在军事立场，军方能做的就仅止於兵力规划，故计划外岛兵力未来降至一个联兵旅，作为“象徵性”部署。至於最终是否撤军，则由政治决定。不过，外岛现阶段“防卫固守”的战略指导并无改变。