随著台湾倒扁势力激增，台湾总统陈水扁展开全力反扑，强调“为了台湾人的生存与面子，一定会做完任期”，府方并决定在9月3日总统外交出访行程中，举行隔海记者会，以回应施明德的挑战。民进党也将倒扁行动定调为“倒台湾”行为，再搞统独争议。陈水扁同时反讽现今乱象，全因他当选总统，以及两颗子弹没把他打死。
　　面对倒扁压力，陈水扁近来完全不回应媒体的追问，转而积极下乡寻求支持。前两日，他更选在乡亲餐叙场合中，强势反击倒扁势力。他先是宣示，再大的攻击、抹黑，“阿扁绝对不会倒下”。隔天，他再向倒扁行动呛声，批“忍耐是有极限的，无法忍耐时，我会走自己的路，不会一味挨打”，与会支持者形容陈水扁一改3周前憔悴模样，现在是信心满满、意志力超强。
　　陈水扁每遇政权危机，便选择退回到深绿怀抱，挑动统独敏感神经。近日更公开向支持者说，他犯了两个错误：错在2000年不该当选，不该政党轮替，更错在2004年大选两颗子弹没把他打死。对于倒扁，他更声称个人不重要，所以“不要护扁，但要护台”。
　　倒扁行动进行到第10天，中研院院长李远哲的副手曾志朗也公开支持倒扁，成为扁执政团队首位表态者，引发外界关注他的政治动向。面对媒体询问，李远哲依旧不愿表示意见，只说“表达意见是好事”。陈水扁上任时曾三顾茅庐中研院副院长曾志朗，邀请后者担任教育部长一职。曾志朗的表态，具高度指标意义，也可能引发公职人员跟进。此外，刚卸下驻欧盟代表职务的程建人，也表达不排除以行动支持倒扁，成为第二位要扁下台的卸任官员。