台湾总统府发言人李南阳表示，陈水扁此次出访，暂订9月3日起程，先前往帕劳，随后访问瑙鲁，过境美属关岛返台，整个行程预计5到6天。
　　陈水扁此行目前最受瞩目的是，美方一旦同意陈水扁的“空军一号”背著青天白日满地红国旗降落关岛，将是台美关系上的一大突破。美方若同意让陈水扁在关岛召开记者会，隔海向府前倒扁人士呛声，更是陈水扁上任6年来，首次在美国国土召开记者会。
　　据报，美方安排陈水扁关岛过境规格，已被熟悉外交系统人士视为美方挺扁程度的指针。台湾倒扁行动兵临城下之际，据了解，府方相当坚持，由陈水扁搭乘具象徵意义的“空军一号”专机完成出访任务，并过境美国。万一美方不同意扁专机降落关岛机场，台方将另有腹案。
　　外交部长黄志芳表示规划行程的主轴，是参加南太平洋友邦元首高峰会，台方不会只注重过境行程。他说，此次出访将“单纯化”，目前并未规划意外的非友邦行程。
　　陈水扁出访南太平洋过境关岛，美方首次允许他的专机降落关岛短暂停留，不在当地过夜。美方官员强调，过境决定和台湾政局无关，避免蓝绿阵营做出美国弃扁保扁的延伸解读。
　　由于台湾倒扁声浪不断升高，美方考量这回陈水扁过境时特别谨慎，加上台湾总统府方面坚持使用“空军一号”做为陈水扁专机，台美双方就过境细节反覆磋商，最后美方同意“空军一号”降落关岛，但折衷方案是，陈水扁访问团成员只做短暂停留，不在当地过夜。陈水扁的“空军一号”届时降落在关岛，也算是陈水扁执政6年来的首次。
　　但关岛远离美国本土，随行人员也不得过夜，对于这样的过境规格，美方官员强调，和台湾目前越演越烈的倒扁情势毫无关联，也没有所谓弃扁保扁的延伸解读。国务院官员表示，美国十分关切台湾目前的政治情势，也正透过各种管道去了解，但这要由台湾人民自己做决定，美国不会选边站，同意陈水扁过境只是基于“安全、舒适、便利、尊严”的一贯原则。