同属泛绿阵营的台湾团结联盟（台联）和执政的民进党关系严重恶化。在这之前，台联精神领袖、前总统李登辉严厉指责现任总统陈水扁，甚至传出陈水扁以秘密账户资料威胁李登辉的谣言。虽然未经证实，但是民进党内已然出现批判李登辉的声音。
　　民进党批评说，只要是台面下的账户，不论是黑（非法）还是白（合法）都应该公诸于世，不能打迷糊仗，都应该拿出来检讨，追查资金下落。台联方面则说，从未听闻陈水扁曾经以秘密账户警告李登辉的事情。台湾媒体将此解读为扁李二人关系陷入冰点。
　　在泛蓝阵营罢免陈水扁提案失败之后，李登辉曾经罕见地公开说“总统做不好就应该换人，台湾之子又不只他一个人……”李登辉并且要人转交一篇知名作家龙应台书写、批评陈水扁腐败的文章给陈水扁。
　　先前，台湾政坛就盛传，陈水扁曾经不满地说“（李登辉）不要把我当儿子一样看”。在陈水扁女婿赵建铭因为股票内线交易被收押、总统夫人涉嫌收受礼券等等消息传出之后，台联明显地要淡化与民进党的关系。台联秘书长罗志明表示，台联是独立的政党，有自己的路线，并且批评陈水扁想要以“本土化”来转移家人丑闻。
　　今年年底，台湾南北两大城市□□台北市和高雄市将选举市长，明年将选举立法委员，后年就是总统大选。现在泛绿阵营出现裂痕，其实有助于泛绿本身，因为台联针对陈水扁本人、而非民进党。也有分析说，先前曾经有台联人士拜访国民党主席马英九，是否意味著台联打算放弃民进党，而改与其他政党合作，目前也难以断定。