台湾总统陈水扁表达歉意，这一次对象是即将在10月卸任的台湾中央研究院院长李远哲。
　　李远哲在罢免总统案前夕，发表声明指责民进党“政绩少、弊案多”，并呼吁陈水扁“止谤莫如自修”。陈水扁后来在中研院活动上正式回应，还当面向李远哲“为过去没有做好的地方深表歉意”，并承诺未来2年将贯彻“自清、改革、权力下放”。
　　台湾中研院一连4天举行院士会议，陈水扁和李远哲同台亮相，当地媒体都把焦点放在两人的互动上。陈水扁在致词时，先赞许李远哲对中研院做出莫大贡献，还说多年来，李远哲一直是他的良师益友，对各项重大施政议题提出的建言，让他多受启迪。他接著说：“阿扁特别向李院长表示歉意，不管于公于私，应该做得更好更多，却没有做到，不但让院长也让人民失望。”
　　李远哲由于挺扁的关系，常被泛政治化，遭受到不必要的干扰和不公平的责难与诬蔑，对此，陈水扁深表过意不去。陈水扁也公开宣示，未来2年任期内，将严格贯彻“自清、改革、权力下放”的决心，并说他个人及整个执政团队都必须要深自检讨、反省戮力革新精进的地方。
　　对于陈水扁的谈话，一旁聆听的李远哲表情没有太大波动。开幕仪式上拍合照时，李、扁两人眼神也没有太多交集，等到陈水扁离去后，李远哲被问及对这番表达歉意的谈话是否感受到诚意，李远哲不愿意再多说，只简短表示：“他说他要好好努力，全国人民都在期待著。”