台湾民进党政府11月18日宣布，不批准中国国台办主任陈云林及各级官员，在12月到台湾参加国共两岸论坛。陆委会副主委刘德勋在例行记者会上宣布决定时指出，台湾政府一再表达两岸政府应先协商的意愿，“遗憾大陆方面拒绝与台湾协商，也拒绝改变其僵持两岸关系的既有立场”，因此台政府认为“国台办官员集体来台”一案，“现阶段没有必要”，内政部出入境管理局联审会不予核准。
   邀请单位国家政策研究基金会（国民党智库）第一时间发表声明说，民进党执政五年使两岸关系紧张严峻，官方和半官方协商管道都中断已久，台湾只能藉由民间管道寻求突破。而国民党邀请陈云林等人访台，本为提供一个“面对面谈问题”的机会，就两岸经贸、直航等交流共同探讨可行之路。国民党智库对扁政府拒绝此案使国共两岸论坛夭折表示遗憾，批评政府是“存心刁难、酸葡萄心理”，有失格调。
   国民党智库以论坛属“党对党民间交流”、陈云林等大陆国台办嘉宾以“中共党中央台办”的党职而非公职身份访台，向政府提出申请。但台湾政府以“国台办”层级处理此案，坚持须经“政府对政府协商”这一必要程序，并授权台湾海基会两度去函大陆海协会要求协商，希望绕过“九二共识”，藉陈云林事件迫使大陆重启协商管道。由始至终，大陆国台办和海协会皆未对海基会来函响应。陈云林赴台申请案引起国际关注，台湾政府一再强调是台方主动授权海基会两度致函海协会要求协商，希望争取国际认可；并把陈云林来不归咎于大陆的强硬姿态。不过，陆委会在声明中未直接表明“不批准”来台，只说“现阶段没有必要”，对促使大陆同意协商尚未死心。