无党籍立委丘毅11月15日透露，高捷弊案爆发后，行政院长谢长廷在13日晚第二度致电给他，澄清没有介入调查局内部人事升迁案；对于高捷弊案调查方向，丘毅说，谢揆9月30日第一度致电给他时，曾语带玄机地透露，“高捷弊案只要不查到皇帝娘娘（指第一夫人吴淑珍）那里，应该都查得下去。”谢长廷方面证实有和丘毅通过电话，但强调绝对不可能批评人或是谈其它的事。
    丘毅表示，他不懂谢长廷提及“皇帝娘娘”的用意为何？但从后来前总统府副秘书长陈哲男涉及利用人头户炒股一事，或许可看出些许端倪。丘毅转述，谢长廷也认为，高雄捷运局更改公办六标顺序及CR5标泄漏底价，至少涉及背信问题。
    谢长廷本人也严正否认，表示根本没有这回事，完全是造谣。他跟丘毅的通话仅有一分钟，如果有超过五分钟，他愿意公开向社会道歉，叫丘毅“丘大人”。