由台湾中国国民党主导的“国共论坛”，12月就要登场，关于身兼中国国台办主任一职的中共中央台办主任陈云林是否能顺利应邀赴台一事，台湾海基会主动去函大陆海协会，要求进行两岸协商。台湾行政院陆委会表示，陈云林等人赴台申请案已进入政府内部审查程序，由于陈云林一行身份特殊，有必要事先协商。
   不过，上海台湾研究所副所长严安林强调，海基会提出这样的要求是“牛头不对马嘴”及“莫名其妙”。严安林说：“是国民党提出申请，陈云林参加国共经贸论坛，你准就准，不准当然是你的权力范围内，但协商是莫名其妙吧。”他说，即使要协商，台湾方面也应该与国民党协商，因为陈云林并非海协会派过去的。
   中国国台办发言人李维一11月16日说，中共中央台办主任陈云林赴台湾出席两岸经贸文化论坛“是国共两党之间的正当交流，希望台湾官方务实处理，“不要以不是理由的理由加以阻挡。”李维一暗示，大陆不会响应台湾海基会试图与大陆海协会进行协商的要求。他在回答相关问题时说，“大家都了解是什么原因，众所周知的原因。”
   中国人民大学教授张同新指出，承认“九二共识”是海基会和海协会复谈的前提，海基会试图绕过“九二共识”与海协会接触，大陆不可能接受。
   李维一在谈到两岸春节包机问题时说，2006年春节包机应扩大搭载对象、增加航点、缩短航程、增加班次，大陆方面已做充分评估和相应安排。他透露，今年以来，大陆的海峡两岸农业交流协会已经先后15次向台湾有关专业团体通报了有关禽流感疫情，同时，大陆有关方面协调世卫组织秘书处邀请台湾两位专家参加世卫组织今年10月7日在日内瓦召开的禽流感国际会议。
   台湾陆委会主委吴钊燮说，陆委会坚持事先协商仍是陈云林来台“必经程序”。由于大陆海协会拒绝与海基会协商，台湾方面已声明陈云林赴台现阶段没有必要。