9月24日，台湾高等法院裁定续羁押陈水扁3个月，陈水扁和委任律师马上提出抗告，台湾最高院10月8日撤销了高院的裁定，发还更裁。更裁3大理由：一、高院裁定押扁，理由不够完备，未说明何以非押不可，否则审判或执行难以进行；二、高院指扁洗钱、隐匿资金，但没有指明卷证来源及出处；三、国安局已提供安全护卫跟随扁，扁事实上有无逃亡可能，因此扁是否须要收押，高院仍有考量余地。台高院10月8日傍晚6时许重开陈水扁羁押庭。在羁押庭进行当中，陈水扁放低姿态，讨好法官，称赞他们“重视人权”，并不断向法官陈述希望以注销护照、重金交保作为获释条件。陈水扁个人陈述部分仅简短发表3分钟，但律师团则猛攻一审判决内容，并集中火力重批检察官蔡守训。

　　陈水扁其后则乱扯说，他知道有3条总统逃亡路线，分别为士林官邸、衡山指挥所、博爱特区地下道，强调他虽然知道元首逃亡路线，但他已经是卸任总统，根本就用不到，完全没有逃亡之虞，恳请法官相信他。

　　检方也是有备而来，提出新证据说，陈致中海外帐户中还有30多万元美金，瑞士帐户则另有2笔不明资金，但陈致中却一再否认这项事实，有刻意隐瞒之嫌，并针对扁律师批检方没“诚信”一事，重炮轰“陈水扁才没资格”。

　　庭讯在8日晚10时25分结束，随即由合议庭三位法官进行评议，到9日0时10左右，法官作出裁决，以五大理由继续延押陈水扁。

　　台高院合议庭的羁押理由一是，陈水扁曾任8年“总统”，参与多项机密外交，“当有与海外政府或民间人士接触之机会”，较一般人熟悉外国政府或通往外国管道，以陈水扁自身影响力及其家人目前在海内外资产，如赴外国，仍可享有优渥生活。

　　理由二，陈水扁当时得悉“调查局长”叶盛茂转知国际洗钱防制组织发现洗钱疑虑后，仍有隐匿资金之举，行为目的无非在避免资金再遭查悉，且相较于得在全案忍受讼争之累，甚或可能面临刑罚，陈水扁逃匿可能性极高，也有事实可认被告有逃亡之虞。

　　对于陈水扁以有随扈24小时维安监控，难以逃亡，合议庭并未采纳，理由是特勤只是基于礼遇及保护卸任“总统”，更无通报司法机关之责，难以据此认定陈水扁无逃亡之虞。

　　合议庭又指出，陈水扁在扁案涉有重罪，另外，全案还有家人、亲信参与，陈水扁本身还有卸任“总统”深远影响力，及相当资产、人脉可资利用，逃匿、延滞诉讼，并意图免除牢狱之可能性极高，难以具保或限制住居取代羁押。被告既涉重罪又虞逃，因而裁定羁押。