西藏精神领袖达赖喇嘛受邀访台，冲击两岸关系，台湾总统马英九9月7日在“八八水灾全国追悼大会“上致词时，特别感谢“大陆当局和大陆同胞踊跃捐输“，并强调“两岸人民血浓于水的民族情感“，这颇有向大陆释出善意，修补两岸关系的意味。

这也是马英九继去年发表就职演说后，再次以“大陆同胞“称呼对岸的民众。受访的台湾学者分析，马政府在此时大动作示好，有一种投桃报李的用意，除了感谢对岸在风灾中的援助，同时对中国大陆切割处理达赖事件的态度表达谢意，显示两岸关系虽受影响但程度有限。

台湾发生八八风灾后，中国大陆大规模动员募款、赈灾，提供组合屋、消毒机、睡袋等，却发生组合屋被退货的插曲，之后民进党南部七县市首长还邀达赖喇嘛访台，引发大陆民间反弹，官方也暂停访台行程，让两岸关系陷入紧张。

马政府不断为此灭火，总统马英九在追悼会中致词时指出，大陆地区捐款至今已超过新台币50亿元，是所有外来捐款中最大的一笔，“展现两岸人民血浓于水的民族感情“。

海峡交流基金会董事长江丙坤日前接受台湾媒体专访时，肯定大陆对台湾灾后的积极援助，但台湾对大陆这次的援助善意少了一个感谢，从政府高层到一般老百姓都没有充分表现感谢，建议未来灾区重建可规划让对岸参与。

至于达赖事件的影响，江丙坤表示，两岸当局、达赖本人及邀请单位的表现都相当克制，很值得肯定，而10月后、年底前的第四次江陈会仍会举行，不影响两岸交流。