侯宽仁在担任特侦组检察官期间，因侦办前台北市长马英九特别费案，遭马以侦讯笔录不实提出告诉。

台湾当局领导人马英九在台北市长任内特别费案获判无罪确定后，控告检察官侯宽仁制作笔录不实涉嫌伪造文书，经台北地检署处分不起诉，马英九申请再议被高检署驳回。今年3月间，马英九又委任律师向台北地院声请交付审判，地院合议庭尚未裁定，若裁定交付审判，马英九将与检察官侯宽仁对簿公堂。

据台湾《中国时报》报道，台北地院行政庭长黄俊明表示，合议庭法官已经向台北地检署等单位调阅卷证，未来若裁定交付审判，视为案件已提起公诉，将由该合议庭进行审理，侯宽仁检察官是被告，可以提起抗告；若是裁定驳回，则全案确定，马英九不能再提抗告。

马英九的委任律师宋耀明表示，马英九会再声请交付审判，是原则问题，把法律程序走完，要的是一个是非，因为马英九的特别费案，检察官的笔录有错误，连判决书都指明与证人证词有许多出入，这是很少见的，检察官笔录有误，不能告诉大家就要默默承受，这样以后老百姓如何相信司法。