国民党副主席萧万长3月2日突然以专函向主席连战辞职。萧万长表示是响应连战“世代交替”号召而辞职，自即日起将不再担任党内任何职务。萧万长称往后将专注研究两岸经贸与东亚经济问题，将以党员身份支持国民党的改革与发展。萧万长辞职后，是否会接任海基会董事长职务，颇值得观察。
　　据了解，萧万长回台后立即与连战会面并口头请辞，但连战并未接受，要求萧和自己“ 同进退”，萧不置可否。其它几位国民党副主席吴伯雄、林澄枝等人事先都已知情，也劝过萧万长和“连主席同进退”，不过，因为萧万长“有自己的想法”，最后决定先行。萧万长3月2日以专函表明坚辞立场，再主动打电话给媒体告知请辞一事。 萧万长称“时候到了！”国民党将裁员1100人，他身为首席副主席，必须响应外界对“世代交替”的期待，与同理离职党工的心情，因此决心与党工同进退。
　　据了解，萧万长日前曾对友人表达担忧，认为王马相争不下，引爆路线问题，对国民党的团结、改革并不利；据转述，萧万长认为国民党应“选举机器”化，党主席应仿效前民进党主席林义雄，专心改造党的方向，不该只为大位布局。
　　目前担任中华经济研究院董事长的萧万长，是国民党排名第一顺位的副主席，他最近一次参与党务，在春节期间，代理赴欧旅游的连战主持新春团拜。萧万长的幕僚表示，萧已辞过多次，本次专函请辞是认为时机成熟，与人事案无关。