台湾执政民进党政府在立法院选举失败后试图回到中间路线的做法，遭遇台独势力的强烈反扑。向来主张台湾独立，影响力甚大的基督长老教会2月22日公开表示，不再支持民进党政府；台联党也针对联电事件抨击民进党政府左右摇摆。
　　陈水扁与在野亲民党主席宋楚瑜的“扁宋会”2月24日登场，这场被视为“开春第一炮”的朝野和解大戏。基督长老教会提前发表《公义与和平宣言》，说明“政党之间的协商及合作，必须以台湾国家主权独立为基础”。独派教会人士批评，民进党政府近来一连串朝野“共生和解”的做法，偏离了长期坚持台湾主权独立的立场。这是长老教会继1970年发表《国是声明》、《人权宣言》以及1991年发表《台湾国家主权独立宣言》以来，再度向政府提出坚守台独立场的强烈宣言。独派教会人士对于新任行政院长谢长廷表示不会“为正名而正名”，以及针对联电案提出将检讨政府现行两岸经贸政策的说法，更表达“不再力挺民进党”的心声。
　　对于独派支持者的质疑，谢长廷响应表示，民进党没有背弃理念，政府施政都是为了台湾国际生存空间和人民，对于过去朋友和同志的批评，会虚心受教。
　　向来与民进党争夺深绿基本盘的台联党，也以联电案借机批评民进党“积极开放、有效管理”的两岸经贸政策，未能确实以“台湾优先”，为台湾经济把关。此前，联电爆发疑似违法转移技术、资金到大陆苏州和舰科技一案后，谢长廷曾表示，现行“戒急用忍”的两岸经贸政策，若是造成违法的比守法的多，代表法律本身有问题，无法执行，有检讨调整的必要。