围绕米粉加工销售企业“三笠食品”（总公司位于大阪市）非法倒卖残留农药超标及发霉的“非食用米”一事，日本农林水产省16日公布的中期报告显示，该公司将2003年后从政府买入的非食用米中的44%作为食用米倒卖流市场，共计约622吨，其中大部分已被消费。报告显示，除学校食堂等以外，问题大米还出售给了餐饮行业，这可能进一步给消费者造成极大不安。
农水省对含黄曲霉和农药的大米的调查于当天基本结束，但对流通途径较复杂的含杀虫剂甲胺磷大米的调查工作仍在继续。迄今为止的调查表明，问题大米已流入24个都府县，危害波及全国。
农水省及厚生劳动省表示，目前尚未收到以问题大米为原料的食品损害人体健康的报告。
流通至370家单位
农林水产省9月16日宣布，问题大米的流通对象现阶段已扩大至约370个单位。此外农水省还公布称，除三笠食品以外，从政府处购买事故大米的“岛田化学工业”（位于怴妰县长冈市）也存在非法倒卖行为。
农水省此前称问题大米已流通至85个单位，如今则猛增3倍。今后此案的涉案单位可能会进一步扩大，可见事态之严重。农水省计划在16日公布涉案单位的名单。
除此之外，农水省当天还将公布以中止买卖问题大米为核心内容的防止此类情况再发措施。由于事态已发展至动摇“食品安全”根基的局面，甚至问题大米已流通到托儿所和医院，因此政府将拿出保护消费者的态度积极采取措施。
日本农相太田诚一已表示，若政府为完成“最低进口配额”而购入的大米中存在问题大米，将退还给出口国。
混入初中伙食
京都市教育委员会9月18日发布消息称，47所市立初中（约占总数的六成）4月提供的5254份红豆饭中混有被农药甲胺磷污染的中国产糯米。
这是问题米混入学校伙食的事件首次被曝光。京都市教委推测称每份红豆饭中使用了约110克糯米，其中约2.3克被甲胺磷污染，并表示“已经确认不会对学生健康造成影响”。
这批受污染的糯米是名古屋市浅井粘合剂公司售出的。该公司是继大阪市三笠食品公司后又一家被曝光非法倒卖问题米的企业。
中间商上吊自杀
9月17日获悉，作为三笠食品问题大米的中间商而被曝光的奈良县广陵町米谷销售公司“NAKAGAWA”的男性社长（54岁）9月16日夜间在家中上吊自杀身亡。
据警方透露，9月16日晚间11点50分前后，该社长的长子（28岁）在位于广陵町的家中二楼卧室发现父亲用吸尘器的电线将自己的脖子勒住吊死，但未发现遗书。
农相引咎辞职
农相太田诚一9月19日向福田首相递交了辞呈。太田辞职的理由是农林水产省对残留农药超标或发霉的“非食用米”被非法倒卖事件的处理不当，引发了国民对食品安全的担忧。福田首相已接受太田的辞呈，预计官房长官町村信孝将兼任农相一职。
在当天上午的内阁会议上，政府已同意农水省事务次官白须敏朗辞职。林野厅长官井出道雄将继任农水省事务次官。
提出“向重视消费者的行政迈进”的福田首相认为农水省在处理此次事件上存在回避责任之嫌，考虑到即将进行众院选举，他可能认为明确责任是上策。
据官房长官町村信孝透露，太田是在当天的内阁会议之后向福田首相表明辞意的。
8月福田对内阁进行改组后，太田出任农相一职。他曾多次在电视节目中发表有轻视消费者之嫌的言论。问题米事件曝光后，他又在电视节目的录像过程中称“这并不是什么值得惊慌失措的大问题”。在野党认为太田缺乏作为当事者的自觉，一致要求其辞职，官房长官町村曾多次对其发出警告。
事务次官白须就问题米事件在9月11日的记者会上曾表示，“从根本上来说责任在于（参与非法倒卖的）企业”。9月18日他又以“发言不当”为由收回上述言论并公开道歉。
关于农水省在对“三笠食品”等公司展开现场调查前曾告知对方具体检查时间一事，该省承认其监督不力导致未能发现非法倒卖现象。
民主党干事长鸠山由纪夫8月19日在东京就农相太田诚一辞职一事对媒体表示：“为时已晚。可能是考虑到‘这样下去无法在众院选举中竞争’，为了执政党的利益和策略才选择辞职。该省厅的工作事关人命，（福田康夫首相）将这样的人任命为部门首长的责任也极其重大。”
太田的近期发言
农相太田诚一近期有关食品安全问题的发言如下：
8月10日，太田在NHK电视台的讨论节目中表示，“作为消费者的国民议论纷纷，我们就不得不加以应对。有关食品的安全，日本依然令人放心。尽管如此，因为消费者和国民吵吵嚷嚷，我们将进一步采取措施”。
9月12日，太田在为日本BS电视台录制节目时主张，“目前有关方面正在调查（使用污染大米的烧酒）是否有毒。我听说烧酒蒸馏过程中已将有害物质分离，几乎不会留有毒性。目前调查显示，即便查出有毒，其浓度也只是（致人中毒的）中国产饺子的60万分之一。我可以自信地说，浓度很低，不会对人体产生影响。因此这并不是什么值得惊慌失措的大问题”。