据负责检视的兵库县监察医务室的整理报告，在本次事故中死亡的乘客，大半都是身体受了多处严重外伤。由于处于“多发外伤”状态，“很难确定直接的死因。”不过基本可以确定几乎全员都是实时死亡。
根据该医务室的报告，本次的107名死者已有100人的死亡诊断书被做成。直接死因是：
◆脑挫伤等头部伤害39人；
◆胸腹内部的出血．损伤20人；
◆因为压迫窒息而死19人；
◆颈椎损伤14人；
◆骨盆骨折8人。
详细的调查表明，大半的死亡诊断书中都有全身撞击、压迫等，即使死因为“窒息”的死者，全身也有多处严重外伤。
这次的检视，是由该医务室所属的监察医5人，分别在附近的遗体安置所进行的。综合整理死亡诊断书的是监察医务系长长崎靖。长崎说：“在由翻车等引起的事故中，多发外伤的冲击一般来说都是单方向的，可是本次事故中的很多受害者，所受到的冲击却是多方向的。”今后，当根据当时收集到的数据，详细地分析乘客当时所受到的撞击。（*多发外伤，是指同时受到2处以上的危及生命的外伤。受到很多小外伤或手脚等的骨折不在其例。）
事故发生后，日本国土交通省组成有史以来最大规模的铁道事故调查委员会。当夜，该委员会向JR西日本发出警告书。兵库县警方开始对JR西日本总社进行了强制搜查，要求公司提供司机运营的数据。
这起交通事故可能的原因，专家分析主要有三个：火车行驶速度过快；铁道线路有问题；车辆本身存在问题。
列车超速30多公里
5月6日，经国土交通省航空．铁道事故调查委员会的调查表明，列车脱轨事故的原因，是因为在距弯道仅70米处，在时间上说也就是2秒钟前，才开始紧急制动。
通常的弯道制动，至少应在距弯道380米处就开始制动，必须将速度降至70公里/小时以下再进入弯道。
调查表明，基本可以确认事故的原因，是因为列车以108公里以上的时速，进入急弯路所造成的。据调查，事故车辆驾驶台右侧的制动杆，已经被推到最里边的紧急制动位置。基本可以认定是司机高见隆二（已死亡）采取了紧急制动措施，然而由于在铁轨上没有?x车的痕迹，所以还不知道?x车地点。不过根据对监视器中数据详细分析的结果表明，应该是在进入弯道前的70米处。
虽然按照JR西日本的说明，“理论计算，当时速不超过133公里时，不会发生脱轨。”但是，当乘客比较多时，会使得重心提高；另外，再考虑天候等其它影响，脱轨的限制速度应该低于理论计算值。
司机曾受过三次处分
这次事故列车的司机是23岁的新手高见隆二，他驾驶列车只有11个月时间，而且曾因操作失误受过3次处分。
此次事故发生前，高见驾驶这列列车在伊丹站靠站时，再次犯了超过停车位置的错误。事故列车的车长曾表示，列车越过了标准位置8米；但经过调查，警方26日证实车长撒了谎，实际错位达到40米。正是因为这个失误，司机高见需要将列车后退归位，导致列车从伊丹站驶出时晚点1分半钟。有人猜测，高见为了尽量弥补耽误的时间而提高了行驶速度。
车体过于轻巧强度不足
这次事故造成乘客伤亡众多的原因之一，是火车脱轨后横向撞入邻近的居民楼一层时，第二节车厢车体严重损坏，几乎成了扁平状，导致里面的乘客受到剧烈挤压。
事故车辆是“ 207系”通勤车型，1991年开始投入使用，目前JR西日本共有480辆同种列车。这种列车车体由不锈钢制成，1节车厢重30吨，比当年国铁时代的车体轻了约20％。以前的列车多是铁制，自上世纪80年代后，各铁道公司为了强化竞争力，采用了材质更轻、更环保节能、更加美观的不锈钢甚至铝合金等材料，以减轻车体重量、提高车速。随着车体重量不断减轻，车体的强度也在减弱。同时，在急转弯时脱轨的危险性也大大增加。
运行强度过大导致压力
JR西日本民营化后，强化了与同行对手的竞争，不断引进新型车辆，并在各主要线路推进高速化和增加发车车次。在高峰时每3分钟就有一趟列车发出。而JR西日本标榜的也是旗下列车的“高速”和“守时”。
相关人士称，此次事故的肇事司机在前一站因为操作失误导致列车延迟了1分半钟，看上去并非什么严重问题，但在日本的铁道系统，发车时刻都是以“ 15秒”为单位的，如果发车稍有延误，应在允许行驶的速度范围内尽可能挽回延迟的时间，这叫“ 回复运营”。但列车延迟1分半钟，在理论上说已经不可能完全靠提速弥补，而且必然要对之后的所有列车时刻产生影响。因此，司机当时的压力必然相当大，导致情绪焦虑。
隐患丛生险发二次事故
5月6日，经调查表明，事故车辆的车长松下正俊（42岁），当事故发生时违反了JR西日本会社的内部规定，没有启动“防护无线机”以命令事故后仍在附近行驶的其它车辆停止运行。松下车长在列车超速发生晃动时没有通知司机、发现异常时也没有采取紧急制动措施、事故发生后没有启动“防护无线”信号，犯了“三重错误”，对安全的最基本的意识非常淡薄。兵库县警尼崎东警察署搜查本部，以懈怠回避危险的义务的嫌疑，对其进行调查。
调查显示，松下车长虽然在第一时间向JR西日本新大阪综合指令所报告了脱轨事故的发生，却忘记了操作“防护无线机”。
“ 防护无线机”设置在车头和车尾的驾驶台上。必要时，打碎塑料罩按下按钮，可以向半径1公里内的车辆发送紧急停止的信号。
由于脱轨，事故车辆的第四节车厢甩到了下行轨道上。因为没有启动“防护无线机”，正向事故现场驶来的下行特急“北近畿3号”列车，差点发生二次事故。
“北近畿”的司机是目视发现异常后，采取紧急制动，在事故现场约100米的地方停了下来。之后，该司机启动了“防护无线”信号，才防止了被害进一步扩大。
掩盖真相欲瞒天过海
据JR西日本劳动组合的有关人士说，在列车脱轨事件发生后，JR西日本曾强行要求事故车辆的车长松下正俊，在报告中否认感觉到速度过快。
松下车长所属为JR西日本劳动组合，其上级单位JR总连（东京）证实，事故发生后，JR西日本劳组曾面见松下车长，听取了调查内容。
在JR总连的说明中，车长在接受社方调查时，没有超过限速的报告书已经作好了。社方担当者在征求车长同意的时候，被车长拒绝了。
该社在听取调查之后，在4月25日的记者招待会上说：“车长当时正在应对乘客的要求，所以并没有感觉到车速是快了还是慢了。”
然而，兵库县警尼崎东警察署的调查却表明，当列车超速进入弯道前，车长向运转指令所报告，速度太快，列车摇晃得厉害。
保险公司难得一现真情
住友生命保险公司4月27日表示，将简化对于JR福知山线列车脱轨事故的被害者、死亡者及其遗族的死亡保险金及入院补偿金等的请求手续，将不需要死亡诊断书和事故状况报告书。明治安田生命保险公司、朝日生命保险公司也做出了同样的决定，第一生命保险公司、日本生命保险公司决定不需要事故状况报告书。
生命保险公司在支付死亡保证金时，一般除了保险证保险金请求书之外，还要住民票、死亡诊断书、事故状况报告书和印鉴证明书等。
但是这次为了更有效地应对列车脱轨事故，各保险公司纷纷简化手续，取消了死亡证明书和事故状况报告书。
通过这次列车脱轨事故，也暴露出JR西日本内部的许多问题。
权力集中于高层
“ 和上级说话很费劲。”事故当日，参加保龄球大会的天王寺车长区的43名社员中，知道事故发生而没有向上司进言中止大会的13人是这样为自己辩解的。几乎所有的年轻人对上司和先辈们都是敬而远之的。
在该会社，伴随着分割．民营化，已经严重地偏离了合理的社员年龄构成。截止到去年4月1日，45－49岁年龄段的社员最多，约8600人，55岁以上的社员，约3440人，和20－29岁的社员，约5220人比起来，已经变得老龄化了。而且衔接年轻人和老年人的中间层——30－39岁的社员，却只有1450人。专家指出，这样的环境使得年轻人很难和上司说上话。
另外，由于希望在分割．民营化时，做到严密的合理化，在使经营安定的过程中，权力向高层集中，内部已经有反映，认为社内沟通十分不畅。不管社员提出什么意见、建议，只要和经营方针有抵触的话，根本就不会转达到上层。
社员没有判断力
由于会社的体制，社员基本没有自己的判断能力，致使事故发生后，同车的司机都不去抢救受害乘客。在事故车辆的第六节车厢中乘坐的司机（27岁）说：“当时都吓傻了。”
该司机的上班时间是下午2点，完全有时间参加抢救。可是由于上午10点有会，会上有大阪支社长桥本光人的演讲，他怕迟到。
一位中年司机说：“大阪支社是一个5000多人的会社，支社长就像一个土皇帝。那位司机怕迟到，一点也不奇怪。”
另外，JR西日本旅客铁道劳动组合的干部说：“不管什么原因都必须出勤，没有判断能力，是组织体制的问题。形成这样的风气，组织是有责任的。”
调查方法的问题
由信乐高原铁道事故（91）遗族们组成的“ 铁道安全推进会议”（NPO）指出，不仅是JR西日本的体制有问题，负责调查事故原因的国土交通航空．铁道事故调查委员会也有问题。该会议通过对美国的“国家运输安全委员会”的考察，对美国的安全系统做了研究。
据该会议透露，在美国，当事故发生时，国家运输安全委员会基于行动心理学等的观点，设置调查组，对人的因素进行多方位的调查。不仅调查乘务员的勤务状况、身体状况，还有从劳动环境、技术训练水平、事业者的“安全文化”等多方面进行检证。
该会议的有关人士说：“ 日本在进行事故调查时，偏向于技术论证。而美国更注重于安全工程学和人间工程学的视点。其实，这在制定安全对策时是必须要考虑的。”
熟悉铁道事业的关西大学教授安部诚治说：“ 如果认为对有过失的职员进行‘杀一儆百’式的教育，就能够减少事故发生，这种想法本身就不科学。应该把技术、安全及人员综合考虑，并且对包括干部在内的职工进行再教育。”
JR全体的问题
对国铁分割．民营化进行追踪报道、《国铁处理》的作者?田慧说，国铁时代，JR被事业者和劳动者夸奖为公共交通的模范。然而，JR西日本在私铁的激烈竞争中崩溃了。JR将那些不同意分割为民营化的人都送到“ 人才活用中心”去了，从而取得了对工人的管理和支配权。虽然司机需要有自己的判断，可是会社只需要“听话的人”。JR全体的问题是相对于漠视生命，社员们更害怕迟到、受罚。不管在任何情况下，出勤都是第一位的。这样机械化、程序化的社员，不可能想象他们会有什么责任感。
JR西日本在事故之后决定了，减少福知山线的运行次数，缓解过密运营；构筑安全优先的企业风尚；整备运转保安系统；培养安全教育指导人员；加强情报沟通等5点方针。以5月末为目标，制定防止事故再发生的对策。
（常青 编译）