日本厚生劳动省5月9日宣布，从加拿大经由美国抵达成田机场的两名高中男生（均为16岁）及一名男性教师（46岁）被确认感染新型流感。这是日本国内首次确认新型流感感染病例，显示出疫情在日本扩散的危险正在加大。
厚劳相舛添要一在紧急记者会上表示，三人是“我国领土内首次确认的患者”，称“因是在入关前被确认的，所以算不上（政府）应对方针中所谓的‘国内发生疫情’”，表示将不会迅速采取限制出境及学校临时停课等措施。据厚劳省透露，三人中有两人在机内检疫时被发现疑似感染。另一名学生在机内检疫时没有症状，下机后不久自诉感到不适。
据厚劳省介绍，抵达成田机场后已转乘其他航班前往泰国及台湾的乘客中有13人需要隔离。坐在下机学生的周围、有必要被隔离的乘客中最多可能有11人已经入关。
三人在5月8日下午4点38分乘坐从美国底特律起飞的西北航空公司025次航班抵达成田机场。该航班的乘客和乘务人员共约410人，三人出现了发烧、咳嗽等症状，被送往传染病指定医疗机构成田红十字医院隔离。当天男性教师的体温为38.6度，两名学生分别为36.6度和37.1度。厚劳省向世界卫生组织报告了“日本出现感染病例”。
三人是大阪府寝屋川市府立高中的师生，该校共有36人于4月底赴加拿大奥克维尔进行短期留学。
厚生劳动省5月10日宣布确认了日本国内第四名新型流感患者。经国立感染症研究所的确定检查，确诊从加拿大自成田机场入境回国的学生中又有一名男性疑似患者感染了新型流感。该人与此前被确诊为日本首例新型流感患者的大阪府男高中生等三人乘坐了同一航班。
这是日本的第四个确诊患者。厚生劳动省正在警惕传染进一步扩大，要求该航班的409名乘客和空服人员中坐在该4人附近的人员暂时隔离观察，并对所有乘客继续实施跟踪调查。
该男生已进入与其他三名感染者不同的千叶县一家医院，住在配有浴室和卫生间的传染病专用病房的单间内，由一名医生和数名护士负责治疗。5月9日下午患者出现了咳嗽症状和38左右的高烧。不过医院负责人表示，该男生5月10日上午已经退烧，恢复了食欲，病情趋于稳定。
大阪府教育委员会透露，该男生与此前确诊的三人都是大阪府立高中的学生。该生与教员共36人乘坐由美国底特律起飞的美西北航空025次航班于5月8日下午返回日本，在登机检疫阶段并未发烧，但在暂时隔离的处所出现了发烧和咳嗽等症状。
教师未要求学生戴口罩
被确认感染新型流感的日本学生所在的大阪府立高中(大阪府寝屋川市）的校长5月9日上午在校内接受媒体采访时称，虽然给学生们短期留学的加拿大学校方面紧急寄去了口罩，但由于领队教师的判断，学生们并没有戴口罩。校长称“如果切实戴上口罩，或许结果会不一样”。大阪府教育委员会也表示“应该反省的地方很多，必须进行核实”。
据教委和校长介绍，包括该校的两名教师在内，共有6名教师参加了此次短期留学。由于留学期间新型流感疫情扩大，校方于5月1日寄出了50个口罩并要求留学人员使用。
口罩于当地时间5日送达。由于加拿大人几乎无人戴口罩，领队教师认为“戴口罩会让人觉得怪异”，导致学生也无人配戴，仅在回国时使用了口罩。这些学生5日在安大略省奥克维尔的姐妹校上了课，下午还在多伦多观看了职业棒球大联盟的比赛。
5月5日傍晚，现已被确认感染的学生中的一人出现了类似感冒的症状，在一名男教导主任（46岁）的陪同下前往医院就诊。据悉，医生并未进行流感病毒检查，仅诊断为“伴有喉痛症状的感冒”，并称“这不是猪流感”。
学校送鼓励信
由于大阪府立高中四名学生被确认为新型流感患者，一同前往加拿大短期留学的其他人被隔离，日本大阪府教育委员会5月10日表示，大阪府立高中等三所学校正在计划给被隔离在成田机场附近的学生们送去鼓励信和书本。
三校共有30名学生和6名教员参加了短期留学，除去4名患者外，其馀32人也在回到日本后被隔离在饭店内，外出等受到限制。
大阪府教委还计划向三校派遣临床心理医师等，负责在校生和参加留学者家长的心理护理。
彻底实施入境检疫
日本首例新型流感感染者在成田机场被确认后，担任政府新型流感对策总部部长的麻生太郎首相9日上午发表谈话，全文如下：
本日确认，平成21年（2009年）5月8日，从底特律飞抵成田机场的三名日本男性感染了新型流感。
此次感染虽然是在我国确诊的，但属于在机场检疫阶段处理的病例，不属于新型流感对策总部确定的“基本对策方针”中的“国内出现患者的情况”。
政府将继续依据“基本对策方针”，彻底采取入境检疫等措施，同时为应对国内出现患者而进行准备。希望各位国民也继续认真收听中央政府和地方政府发布的信息，在不放松警惕的同时冷静行动。
日本官房长官河村建夫6日前往厚生劳动省会见厚生劳动相舛添要一，要求其商讨世界卫生组织（WHO）将新型流感警戒级别提升至代表全球流行的“6”级时的对策。
河村强调，“即使上升到6级，日本也必须做所有能做的事。这将考验日本的危机管理”。他要求在机场等地彻底实行口岸防控措施，同时做足准备以防日本国内出现感染者。
河村表示，如果警戒级别被提升，将迅速举行由首相麻生太郎出任总部长的对策总部会议。
河村还视察了在厚生劳动省内设置的电话谘询窗口及工作会议，并激励工作人员。
医院拒诊发烧患者
东京都政府5月5日公布的调查结果显示，尽管有些发烧患者没有去过疫区，感染新型流感可能性极低，但东京都内仍然多次发生医院拒诊的情况。据悉，2日早上至5日中午共发生了92起拒诊情况，其中包括大学附属医院。厚生劳动省对此表示，“如果单纯是拒诊就是重大问题”，并决定调查全国各地情况。
东京政府呼吁称：“也许是因为担心出现新型流感患者或传染给其他患者，但希望医院能冷静应对。”
据东京传染病对策科透露，通过在发烧谘询中心设立的谘询电话谘解到拒诊情况。
其中大多数人没有去过疫区却被拒诊或是被告知跟发烧谘询中心联系。其中一些人因表示“在成田机场工作”或“朋友中有外国人”而被拒诊。
此外还有人致电发烧谘询中心后被推荐去普通医院，但被医院拒诊。
传染病对策科指出拒诊有可能违反《医师法》，称“将针对恶意拒诊的医院采取相应措施”。