日本政府在10月11日夜间的安保会议上，针对朝鲜宣布实施核试验决定对朝采取追加制裁措施，其中包括全面禁止朝鲜籍船舶进入日本港口、禁止进口一切来自朝鲜的商品、朝鲜国籍者原则上禁止入境。上述内容是根据日本《禁止特定船舶入港法》和修改过的《外汇和外贸管理法》等法律制定的措施，已于9月13日经日本内阁审议后正式确定。
　　此外日本政府还称，将根据朝鲜今后的反应讨论进一步的追加制裁。
　　就此次采取追加制裁的原因，官房长官盐崎恭久除指出朝鲜宣布实施核试验，日本等国也检测出异于平常的地震波外，还指出朝鲜在绑架问题上未拿出诚意等理由，强调日本是在进行了“综合考虑”的基础上作出上述决定的。
　　盐崎说，“鉴于受朝鲜此次行为影响最大的国家是日本这一重要因素，日本有自己的想法，从而作出了上述决定”。分析认为，日本政府此举的判断依据有二，一是联合国安理会正讨论对朝实施严厉措施，二是安倍政府对朝强硬姿态得到了极高的民意支持。
　　联合国安理会通过对朝鲜的制裁决议后，日本首相安倍晋三15日上午在东京车站就今后的对应向记者说:“已经开始研究，希望再能做出最终决断”，表示了日本考虑对朝鲜采取包括扩大金融制裁的范围在内的进一步措施的意向。
　　安倍认为安理会的制裁决议“向朝鲜传达了不允许其持核的强硬讯息”。他强调日本今后“将与国际社会合作，阻止核的拥有与扩散。”
　　日本外相麻生太郎也发表了欢迎安理会决议的谈话，要求朝鲜“必须认真对待国际社会的严重忧虑，采取具体措施以解决问题”，按照决议立即放弃核武器。麻生还表示：“我国将尽最大努力使决议能得以切实实施。”
　　10月12日政府在首相官邸召开了一次紧急对策会议，讨论援助因此受到影响的国内进口、加工业者的具体措施。日本官房长官盐崎恭久担任会议主席，农水省、经济产业省、财务省等相关负责人也出席了会议。
　　盐崎在会上下达指示：“虽然是出于安全目的，我们要对受到影响的人提供具体援助。希望政府能迅速团结起来共同努力。”
　　日本从朝鲜进口的商品主要是鱼贝类和农产品，其中包括海胆、勘察加拟石蟹、蛤仔、松蘑等，2005年来自朝鲜的实际进口额约为145亿日元。
　　出于安全上的理由，日本政府已正式决定采取追加制裁措施，为尽可能避免从朝鲜进口的中小企业和水产加工业的经营遭受影响，日本政府将尽快就启动利用政府旗下金融机构的紧急融资等援助措施展开讨论。
　　就自民党政调会长中川昭一10月15日在电视节目中称有必要就日本是否应持核展开讨论一事，日本各在野党对中川的上述言论纷纷表示反对。
　　民主党政调会长松本刚明在同一节目中指出，“我国没有必要选择拥有（核武器）。将来也应坚持不拥有的立场”。共产党政策委员长小池晃强调，“日本是惟一核爆受害国，不应拥有核”。社民党政审会长阿部知子也表示，“要考虑到外国的反应，日本拥有核就能抑制威胁的论调不成立”。
　　另一方面，自民党干事长中川秀直也对记者表示，“安倍晋三首相在国会答辩时说要坚持无核三原则，我对此给予高度评价”，认为没有必要对是否持核进行讨论。
　　就中川昭一10月15日表示有必要就日本是否持核开展讨论一事，日本的核爆受害者纷纷做出谴责。
　　长崎核爆遗族会会长下平作将（71岁）愤怒地说，“宪法规定放弃战争，持核论真是岂有此理。把我们的性命看作成什么了”。长崎核爆受害者协议会的谷口先生（77岁）说，“安倍晋三首相必须严肃对待中川的发言。为了无核化，希望能够推进无核三原则的法制化”。
　　广岛县禁止原子弹氢弹爆炸协议会的代表委员片山春子（76岁）表示，“（中川）是否知道日本是惟一被核武器轰炸过的国家。保护无核三原则是理所当然的。认为有必要进行彻底讨论的想法很可笑”。广岛县核爆受害者团体协会理事长金子一士（80岁）表示，“这是对核恐怖毫无认识的无知发言。政治家的工作应该是考虑如何弃核”。