日本厚生劳动省5月17日公布，大阪府的9名高中生及兵库县的23名高中生和老师等人经国立感染症研究所的详细检查，被确诊感染了新型流感。至此，除在成田机场的入境检疫中发现的4名感染者外，日本国内2个府县发现了共计40名新型流感患者。
2府县至少有1000所中小学、托儿所、幼儿园等决定临时停课或关闭，到周一给市民生活造成的影响或许会进一步扩大。由于出现同一学校的多名学生及老师被感染，因此以学校为单位已经爆发集体感染的可能性增大。兵库县内的感染区域也从神户市扩大到该市以外地区。
大阪府政府表示，大阪府的9名感染者均是私立关西大仓高中（
99所设施关闭一周
由于日本兵库县神户市出现首例在国内感染的新型流感病例，神户市新型流感对策总部5月16日决定，包括市立学校在内的99所设施将临时关闭一周，祭祀活动也将中止。
据市政府透露，确认感染的男学生所在的县立神户高中附近的神户市东滩、滩、中央各区的市立中小学和幼儿园、保育所等共99所设施将临时关闭一周，修学旅行也将延期。对策总部还要求私立、县立和兵库县
原定5月17日举行的“第39届神户节”的活动也在全市范围被中止。
神户市市长矢田立郎要求市民“冷静应对”，呼吁避开人多的地方、使用口罩、尽量避免不必要的外出。矢田在记者会上表示，是否关闭市内其它地区的设施将待县政府进行调查后再做决定。
受日本国内接连出现新型流感确诊病例的影响，大阪府、兵库县等地至少有570所公立的中小学、托儿所和幼儿园决定临时停课。这些地区的政府也向私立学校提出同样要求，并相继取消许多活动安排。
大阪府在17日上午的对策会议中决定，感染者居住的
兵库县16日宣布进入紧急状态。神户市部分地区以及相邻的
由于日本国内出现了首例新型流感确诊病例，政府的新型流感对策总部专家谘询委员会主席尾身茂（自治医科大学教授）5月16日在内阁府接受记者采访时称，“不能否定感染正在慢慢扩散的可能性”，认为地区一级的感染可能正在扩大。
尾身指出，确认感染的神户市高中生没有出国经历，现阶段也尚未确认与其它感染者的接触。他同时强调此次的新型流感不具有高致病性，治疗药效果显著，“没必要过度不安”。
佩戴口罩地区扩大
日本大阪府也出现新型流感确诊病例后，超市、便利店、铁路等公司5月17日纷纷要求在大阪府和京都府等地区员工也佩戴口罩，此前已以神户市区为中心推行这项措施。18日将恢复正常工作的企业也在认真讨论诸如错峰上下班等应对措施。
大型零售集团永旺决定除了神户市及兵库县
伊藤洋华堂也要求在大阪府、京都府、奈良县、兵库县内共11家店铺的食品销售部工作的员工必须戴口罩。日本最大的便利店7-11日本公司也在继神户市内店铺之后，要求位于丰中市等的80家店铺内的员工佩戴口罩。
另外，便利店“全家”除了要求神户市内的93家店铺和大阪府、京都府部分地区的共99家店铺员工佩戴口罩之外，还决定暂停关东煮的销售。公司称“这是防止飞沫感染的措施”。
阪急、阪神、京阪、南海等关西各大铁路公司于17日指示全线全站乘务员、工作人员开始佩戴口罩。近铁公司指示全线乘务员和关西地区的车站工作人员，JR西日本公司则要求
位于神户市的体育用品公司爱世克斯（ASICS）于17日决定同意员工错峰上下班。该公司公关部负责人表示，“由于托儿所和养老院相继暂时关闭，找不到看护老人和小孩的员工可以不用到公司上班”。
政府商讨对策
由于日本国内出现了首例新型流感确诊病例，麻生太郎首相5月16日下午发表谈话，称“政府将在出入境检疫之外彻底调查患者的活动和密切接触者，采取措施防止传染扩大”。政府在首相官邸举行了由官房长官河村建夫、厚生劳动相舛添要一及相关部门局级官员参加的新型流感对策总部会议，准备采取万全的对策。
麻生确认了政府行动计划所定义的新型流感疫情已由第一阶段的海外发生期转为第二阶段的国内发生早期。他在会议上首先向河村做出指示，要求各地方政府一致防止感染扩大。
关于要求疫区居民避免外出、取消集会或运动会、学校临时放假等应对措施，会议讨论了实施的程度。为准备应对感染扩大，会议还确认了抗流感药物等的落实状况。
会议还决定继续彻底实施入境检疫措施，对来自疫区的人员进行严格的检疫和入境审查。
日本5月16日出现了首例在国内感染的新型流感病例，厚生劳动相舛添要一当天在厚劳省紧急召开记者会，表示“将和当地地方政府采取万全对策”，强调将合作应对新的事态。
舛添在记者会上努力用平静的口吻说“认为(病毒)侵入国内是时间的问题”，但会见全程表情严峻。他表示“从昨晚开始和兵库县、神户市密切交换了信息”，政府正在为防止感染扩大进各种准备。舛添在会上提及患者和另两名正在进行确认检查的高中生的状况，表示“愿他们接受适当治疗，尽早康复”。