日本内阁府经济社会综合研究所通过大量的调查研究和经过严密的科学推算，认为同中国建立自由贸易区对日本经济的好处最大，每年可以提升日本国内生产总值增长0.5%。为了加快同有关国家签署自由贸易协议的步伐，确定谈判的优先级，为日本政府经济财政咨询会议提供决策意见，内阁府经济社会研究所对日本有可能同其建立自由贸易区的18个国家和地区的各种情况进行了严密的调查研究和分析比较，认为单纯从经济角度来看，日本同中国建立自由贸易区的好处最大；而已经同日本签署了自由贸易协议的新加坡和墨西哥，对日本经济发展的促进作用十分有限；而同韩国建立自贸区的好处排行第7，可提升日本国内生产总值增长0.1%。
     日本经济产业省下属的日本贸易振兴机构（相当于中国的国际贸易促进会）在这之前的调查研究结果也表明，包括香港在内，今年中日两国的贸易总额有望超过美国，中国将成为日本最大的贸易伙伴。同中国签署自由贸易协议，有望大大促进日本经济的发展。日本经济界人士也认为，随着中国经济持续高速增长，国民购买力大幅提高，中国市场不断扩大，中日两国经济互相依赖的程度越来越大，同中国签署自由贸易协议是大势所趋。 为了促进经济发展，日本政府准备加快同经济贸易关系密切的１８个国家和地区签署自由贸易协议。目前，日本除了同新加坡、墨西哥签署了自由贸易协议之外，已经同菲律宾基本达成协议，并已经同韩国、马来西亚、泰国开始了有关签署自由贸易协议的谈判，而且还开始研究同印度和智利举行谈判的相关问题。日本开始重视同一直被忽略了的世界第二人口大国印度发展经济贸易关系。
     尽管中国即将成为日本最大的贸易伙伴，但日本至今还没有将中国列入考虑同其建立自贸区的国家之内。分析家认为，日本不愿意同中国签署自由贸易协议的主要原因是，担心经济日益发展和不断强大起来的中国取代日本掌握东亚地区的经济主导权。长期以来，日本作为世界第二经济大国，在亚洲经济方面一直发挥着重要作用。随着中国经济的持续高速增长，中国经济在亚洲经济中的地位迅速得到提高，其影响力进一步增强。日本担心中国以不断增强的经济为后盾，藉同东盟签署全面经济合作框架协议的气势，提出建立中日韩自由贸易区设想，进而掌握亚洲经济的主导权。
     日本政府的经济财政咨询委员会将于今年1月从经济效果的角度，重新评估同其它国家缔结自由贸易协议的优先级。尽管日本内阁府的研究结果再一次表明，同中国签署自由贸易协议对日本经济发展的作用最大，但日本政府有关方面从冷战思维出发，这一研究结果恐怕也难以改变对华自由贸易战略。