2006年5月29日日本实施“肯定列表制度”以来，中国出口日本农产品部分受阻，市场份额被挤占。据海关统计，6—12月中国对日本市场农产品、食品的出口份额分别下降到25.3%和26.5%。

据悉，2006年中国对日本出口农产品49亿美元，其中出口食品44.3亿美元，较2005年同比增幅下降0.6个百分点。而从主要出口地区看，6—12月，山东、浙江、辽宁、福建、江苏对日食品出口呈现低速增长，而广东、北京、河北等地对日食品出口均出现负增长。

2006年日本厚劳省查出违反日本《食品卫生法》并最终采取了废弃或退货处理的进口产品共1440批次，同比增加了82%。其中遭退货批次最多的依次是：中国476批次、美国242批次、越南131批次。

商务部表示，中国产品的退货批次从2005年的343个批次增加到476批次，同比增长39%，这无疑对中国优势农产品出口产生了重大影响。

据日本厚劳省公布的统计数据，2006年6—12月中国输日食品查出违规案例合计334起，其中明确列明违反“肯定列表制度”第11条第3项规定的案例69起，占全部违规案例的21%。

“肯定列表制度”实施初期，由于进出口商对日本检验检疫情况心存顾虑，持观望态度居多，不敢盲目发货、进货，中国出口企业减少，成交量明显下降。

2006年6月中国对日出口食品企业数量为2392家，同比下降了11.5%；7月下降7.1%，8月和9月经营企业家数基本与去年持平。6—12月，对日食品出口企业同比下降2.9%。

商务部还指出，由于日本中小客户以中国生产工厂为配送中心，许多产品都以拼箱方式出运，而现在拼箱的货物的检测通关费用大幅上升，故中国生产工厂已失去价格竞争优势，部分日本订单向东南亚转移。

“由于国内出口企业发货节奏放慢，货款回收时间延长，经营风险加大，检测、仓储、通关等成本费用显著增加，中国对日农产品出口成本不断上涨。”商务部表示。

由于成本上涨，导致出口利润下降，国内出口企业和农民的利益受损。以香菇为例，日本对中国香菇实施命令检查以来，中国香菇出口企业对原料采购更加谨慎，并增加了产品自检项目。去年7月下旬，江西等主产地鲜菇收购价格高达2.5—4.5元/斤，而到了9月中旬，价格已滑落到1.5—2.5元/斤。食用菌出口企业和菇农都遭受了巨大的经济损失。