据台湾《联合报》报道，刘兆玄八月十五日已向马英九请辞，有一说当时两人共识就是“刘九月初走人、马另觅新任”随后，刘兆玄率人南下做好灾民安 置与重建，“先压下民怨”。为避免影响士气，当局刻意释放“马刘体系”不动的烟雾弹，行政系统更放出刘兆玄留任的讯息。同一时间，马英九已私下展开一场惊 心动魄的改组大计划。
最终，马英九延揽吴敦义出任“行政院长”。马吴两人共同决定拔擢朱立伦接“副院长”，征询过程上星期后半段完成。九月六日晚间刘兆玄再度向马英九请辞，并获首肯。
一肩扛责 刘兆玄留下漂亮身影
刘兆玄本可继续局部改组行政团队，以实际政绩力挽施政声望。不过，年轻时就曾以“上官鼎”笔名从事过武侠小说写作的他，自有一套风格：不妥协、不低头，大侠一出手就是迥异于小兵小卒。当他在记者会上宣布总辞时，不少媒体都以“一条汉子”来形容，赞其下台身影漂亮。
幕僚说，敢做敢当不恋栈正是刘兆玄的风格。这位将门之后，长年浸淫学术界的阁揆，有他自己“上台、下台”准则。去年五月二十日上台前夕，他就已定出下台三条件，只要人民对行政团队满意度、总统对行政团队满意度、自己对行政团队的满意度有一项不满意，他就走人。
这三下台条件，从油电双涨开始到绿卡事件、金融海啸、失业率飙高等，一路走来，反对派要求下台声浪从没断过，但他从不觉得有过不去的难关；凭其多年从政经验，与坚强的任谤任尤精神，最后都能过关斩将挺过去。
但幕僚说，这一次莫拉克真的让刘兆玄刻骨铭心，一夕间造成七百多人死亡失踪，他做为“行政院长”，内心的不安与煎熬，可说是日夜翻搅，难以言 喻。幕僚说，依三条件下台是很容易的，选择先安顿好民心，把后续安置重建工作做好再下台，却是很困难的，因为这得忍受马刘支持度的再创新低、得忍受岛内政 客的无情谩骂。
刘兆玄惯有的责任感驱使他做出“先救灾安置再谈下台”的决定。终于，安置告一段落了，刘兆玄也选择依底层民意要他下台的声音，毅然下台。
刘母恳托：成全兆玄吧
上官鼎回来了
八月十八日即八八水灾发生后第十天，马英九召开重要记者会。人在台北的刘兆玄不仅缺席，从前一天十七日的傍晚开始，刘兆玄就在媒体面前突然“消 失三十六小时”。知情人士指出，以刘兆玄的“大侠”性格，既然提出请辞，对职位一定不恋栈；但马英九在前一天再三拜托刘兆玄忍辱负重，等灾后重建工作打下 基础后，辞职九月初再说。
刘兆玄不忍辜负马英九所托，决定面对责难，扛起千头万绪的灾后重建工程。刘兆玄并与马英九两人达“不能说的秘密”默契，保密到家。
九月六日晚上，马英九驱车前往台北新生南路刘兆玄母亲的家中夜探，与刘兆玄谈到深夜。九十多岁的刘母锺畹芳以恳托的语气说：“谢谢肯定与提拔，但请成全兆玄的决定(请辞)吧。”此语一出，马英九知道侍亲至孝的刘兆玄这回一定会听妈妈的话，是不回头了。
七日下午三时许，“新闻局”发出短信通知媒体记者，表示刘兆玄要开记者会。四时半，刘兆玄举行记者会宣布，八八水灾死亡、失踪超过七百多人，他 将一肩扛起所有政治责任，一再向马英九请辞终于获准，本月十日将带领行政当局各主管部门负责人总辞。外界原本以为刘兆玄要宣布改组名单，没想到是请辞获 准，现场媒体记者一阵愕然。
台湾当局领导人办公室发言人王郁琦表示，马英九高度肯定并感谢刘兆玄自任职以来的贡献，以及忍辱负重、勇于负责的精神；并认为，刘兆玄留下行政 首长担负政治责任的典范。有官员说，过去两个星期，刘兆玄带领的重建团队工作迅速、确实，绩效有目共睹；当局针对灾民所做的民调显示，刘兆玄满意度已大幅 回升。
国民党“立委”纷纷予以肯定。邱毅说，刘兆玄昨天的表现，让他觉得“过去那个有大侠之风的上官鼎又回来了”，行政团队总辞等于是政治责任的表现。
吴育升也认为刘兆玄的请辞有助化解马当局压力，他说，以刘兆玄高度的自信风格，绝无法忍受舆论最近的批判，“可以嗅到总辞的味道。”赖士葆则认 为，刘兆玄把责任一肩扛下，对整个“政府”有很大的加分作用，负面评价洗刷不少，但他也断言，刘兆玄下台后，中生代接班梯队已然形成，刘应无东山再起的机 会。
官员看电视才知已失业
刘兆玄从决定走人，到宣布行政团队总辞长达二十三天，但团队成员没人知道刘兆玄要走，直到记者会才得知消息。
虽然官员们表面上平静，但其实大家私下都很关心改组进度，不少人昨天下午都盯着电视，心情跟着刘兆玄记者会起伏。有媒体透过幕僚想得知“官员看总辞”的心情，幕僚苦中作乐地说，“怎么看总辞？就是看电视啊！”
法务主管王清峰对刘兆玄这段时间遭受外界的批评感到不忍，她认为刘果决明快、坚忍不拔，只要是对的事，刘都会支持，在他手下非常好作事。