日美两国政府在美军再编问题上达成最后协议，对美国来说意味著改变冷战时代军事部署，重组世界战略格局的计划已近乎全面完成阶段；对日本来说，意味著其在亚洲的军事存在感得到提升，伴随著冲绳美军基地返还，日美“战后处理”最终完成；对于日美同盟来说，则意味著由美国控制的日美军事“一体化”进入全面演绎和快速推进阶段。
一、驻日美军再编内容：“提升军事机能”和“减轻冲绳负担”
在日美双方发表的题为《实施美军再编路线指南》的报告书中，双方明确了以下问题，1、冲绳的普天间机场移至冲绳名护市的夏娃浦军营沿岸部；2、驻扎冲绳的美海军陆战队约8000名官兵在2014年前移师关岛，而总额102亿7000万美元的迁移费用，由日本负担60亿9000万美元；3、冲绳县的牧港补给地区、瑞庆览军营全部或部分归冲绳，嘉手纳机场的飞机训练分散到国内的六个地区，这样既能减轻拥有全国75%基地的冲绳县的负担，又能使美军熟悉各地机场性能，在“有事”之时八方出击；4、2008年9月前，位于美国华盛顿州的美军第一军团司令部将改编成“综合作战司令部”，迁至位于日本神奈川县的美军座间基地；2012年前，在座间基地新设日本陆上自卫队核心部队中央快速反应部队的司令部；5、到2010年，日航空自卫队航空总队司令部将移至位于东京郊外的美军横田基地，基地内新设“日美联合运用协调中心”，推进美军与自卫队一体化；6、神奈川县厚木基地的舰载机转移到山口县的岩国基地。
在日美达成协议后，美国国务卿赖斯在记者招待会上说：日美同盟实现进化，此次协议的目的是为了建立可持续性的日美同盟。日本外务大臣麻生太郎接著说：协议达成，是过去工作的完成，也是一个新的开始——他暗示落实这个协议在日本还有很多难关。一直要求返还冲绳美军基地的冲绳县知事稻岭惠一，对8000名官兵移师关岛的决定给予了很高评价。冲绳县人口大部分集中在县中南部，那里人多地窄，通过这次再编，美军可归还冲绳县中南部约1500公顷土地，这将为冲绳县的发展带来巨大经济效益。
二、俯瞰美军世界性再编：抑制中朝全面反恐
这次“美军再编”，是在冷战结束，苏联解体，欧洲对美威胁消失，朝鲜发生核骚动，中国崛起和“9.11”事件发生等一系列变化带来世界格局重组的大背景下进行的。其表面的目的大致有三：
第一是对零散的、无法预测的恐怖主义威胁进行反应。具体来说，从北非、西亚、中亚、南亚、到东南亚的“动荡的弧形地区”，是美国关注的焦点。目前，美国对冷战时期针对苏联的海外军事部署进行了压缩，另外，美国把驻扎在德国的一部分兵力调整到保加利亚和罗马尼亚以接近中东，并继续在伊拉克和阿富汗驻军，军事顾问重返菲律宾，加强和巴基斯坦的局部合作，都是这一战略部署的一部分。
第二个目的就是大力加强远东地区的战略部署，防范朝鲜半岛有事，预防台湾海峡战火，抑制中国的军事崛起。驻扎冲绳的美国海军陆战队约8000名官兵移师关岛，也是这个战略部署的一部分。首先，海军主力移师关岛，使集中停泊的海军空母与舰艇战斗群离开了朝鲜弹道导弹“劳动”的射程，而随著美军和自卫队的“一体化”，在日缺少的兵员可由自卫队弥补。其次，加强关岛海军力量，可防御中国海军潜艇部队通过巴士海峡，突破第二岛链重镇关岛，进入太平洋，攻击美国本土。从地缘上看，中国大陆是一个半封闭的陆海大国，兵力投射长度跨越不出第一岛链（日本列岛、台湾、韩国、菲律宾），海军突破封锁迈进大洋的路径选项也不多。第一条路径在日本冲绳岛南端至台湾东北方之间的一道北浅南深的水下峡谷，是中国潜艇最易突破美日反潜区的隘口，但该地区也是美日在亚太反潜中密度最大的防区，在此突围颇有强度关山的味道；第二条路径，在巴士海峡，该海域有季风性、高频率的大风大浪气象因素，使潜艇与水面舰艇和飞机的对抗性搜索中处于相对优势地位，中国海军曾多次由此入洋，而关岛正是由巴士海峡入洋的咽喉地带。美国在2004年底将关岛的核潜艇增至三艘，并携带攻击性很强的战斧式导弹。美国的11艘航空母舰今后将有6艘移往太平洋，60%的潜水艇也将移往太平洋。
另外，美国远东海军主力移往关岛，还可与日本及位于夏威夷的太平洋美军司令部形成铁三角，向“动荡的弧形地区”投射战力。同时，现位于美国华盛顿州的美军第一军团司令部将改编成“综合作战司令部”，迁至神奈川县的座间基地，将成为应付台湾危机和朝鲜问题的“前线指挥部”，同时也能严密监视中东。
这次美军再编的第三个目的，是使美军更加精练化，提高快速反应的能力和其打击力。原来的美军是以师为单位，人数为15000人，现在则以旅为单位，人数为5000人，再编以后，人数将精简为2000——3000人的“战斗群”，相当于一个加强团，这个战斗群将具有装备更加精良、成本低廉而反应更加灵活迅速等特点。
三、在日美军再编的深层意义：控制日本抓牢日本
美军再编的表面意义是抑制中朝，全面反恐，这谁都看得出来。从更深的层次来说，也有进一步控制日本、抓牢日本的的意义。
日本一开始对美军再编并不积极，采取能躲就躲，能拖就拖态度。当时美国提示再编中心内容，只有美军第一军团司令部改编成“综合作战司令部”迁至座间基地和横田基地第5空军司令部转移到关岛等，对日本没有一点儿好处。如果美军和日本自卫队实现了一体化，不仅使自卫队完全处于美国控制之下，（下转第3版）
还可能有违反日美安保条约第六条规定活动范围限制在远东之虞，为日本政府留下遭受攻击的“火种”。此外，地方竭力反对在债台高筑的财政状况下挤出巨额再编费等，对日本来说都是相当头痛的问题。2003年8月在美国进行的日美局长级协商中，日本方面指出：有关美军基地转移，目前还没有得到接受基地方面的居民的理解。这使当时的美国副国务卿阿米蒂奇大为不满，他对2004年5月末访美的外务省北美局局长海老原绅和防卫厅防卫局局长饭原一树说：日美关系的现状就和发生了列车脱轨事故一样。
2004年9月，当时的自民党副总裁山崎拓和防卫厅次官守屋武昌一起拜访小泉首相时说：如果抓住美军再编的机会，减轻冲绳负担，可以使日本完成最后的战后处理。小泉首相听了眼睛一亮，因为他正愁亚洲外交焦头烂额，如果在再编问题上得罪了美国，那真是“四面楚歌”了，且巨额的再编财政支出也无法向国民解释。但如果把美军再编和冲绳基地返还绑在一起，不仅有了“大义名分”，而且也是“留芳千古”的事。于是小泉在和布什总统会谈时提出了“维持美军威慑能力”和“减轻地方负担”两大再编目标，得到了布什首肯。
其实，美国并不在乎8000名海军陆战队的转移，因为在新的形势下，关岛的战略地位变得非常重要，同时，美军再编还有一个更重要的“不可言说”的目的，那就是通过美军和日本自卫队的一体化，把自卫队牢牢控制在美国的羽翼之下。这次再编将美军“综合作战司令部”和日本陆上自卫队核心部队中央快速反应部队司令部绑在一起，在美军横田基地新设“日美联合运用协调中心”也是为了这个目的。
本质上，美国对日本并不信任。早在1993年，著名国际政治学者，哈佛大学教授亨廷顿出版《文明的冲突》，在全世界引起巨大反响。亨廷顿在书中认为：日本是一个只跟最强者结盟的国家，二战前和英国，二战时与德、意，二战后和美国。亨廷顿还推演出一场发生在2010年的战争，在那场战争中，中国胜了美国，日本投向中国，自卫队掉转枪口对准了美国。亨廷顿是对美国政权的政策决定具有影响力的学者，他曾担任过福特政权的国家安全保障会议召集人。近来日本重要政治家否定东京审判的言行，更使美国外交部门十分头痛。美国霍普津斯大学教授肯特·卡尔达说：把战争正当化，是与同日本战斗过的美国的历史观相对立的，在彼此相左的历史解释之上是不可能建立稳固同盟的。一位日本外务省干部说，在政权以外，华盛顿对日本历史问题认识的态度是很严厉的，现在两国首脑处于蜜月关系，不会说什么，如果换了首相就不好说了。
美国极力推进美军和日本自卫队一体化，不能不说也有上述思绪在心头。对于美国来说，只要牢牢控制住自卫队，不论政治家们如何叫嚣，日本就永远是那个被它“摘去了睾丸”的日本。