一、台湾原住民来日开展“还我祖灵”运动
原住民与右翼的冲突一触即发
6月14日，以台湾泰亚族立法委员高金素梅为首的60名原住民代表来到日本，欲去靖国神社开展“还我祖灵”活动。
高金素梅和来日的原住民代表们认为：在日本的靖国神社中祭奠着26000名台湾人，其中有许多原住民。按照台湾原住民的传统，人死之后，要渡过彩虹桥，回归故乡。原住民遗属中，许多人想由自己来祭奠亲人，他们不希望把亲人供祭在日本的靖国神社。高金素梅在2002年8月10日，和高砂义勇队遗属张云琴华一同去靖国神社，要求归还原住民战死者的灵魂，并在8月12日向靖国神社提出停止合祀要求。但靖国神社说“ 圣灵并不是单一的”，拒绝了她们的要求。高金素梅至今没有放弃努力，她在2003年2月和今年3月再次赴日，在日本参加了抗议首相参拜靖国神社等诉讼活动。
6月14日早晨8时，早已听说了他们的活动的多个日本右翼团体在汽车上悬挂着“绝不允许冒渎极刑而死的甲级战犯的英灵”等横幅来到靖国神社，数十人排列在靖国神社鸟居前，试图阻止台湾原住民的“还我祖灵”活动，警方出动大量警察来到靖国神社。而高金素梅等60多名原住民们所乘坐的巴士被大量的警察围在离靖国神社100米以外的二松学舍大学门前，不准原住民代表下车。在高金素梅的强烈要求下警察允许高金素梅下车，高金素梅在被困巴士前声泪俱下，她说：日本的警察把好人困在这里，而不去管那边的坏人。我们只是要求归还我们的祖灵，而日本政府没有给我们公道，我们希望爱好和平的日本朋友给我们支持。最后我要告诉大家，这次我们虽然没有进去，我们还会再来，一直等到把祖灵还给我们。我们要等着日本政府的良心发现，这次我们来60个，下次我们就来600个。”
本次来日之前，台湾驻日本代表处通知高金素梅办公室：日本极右团体安排了几名原台籍日本兵，其中也有原住民，准备在6月14日上午与“原住民族还我祖灵代表团”同一时间到达靖国神社，反制“高砂义勇队牺牲者除名”的诉求。日本极右团体还在国内串连动员“保卫靖国神社”，并威胁说“高委员率团赴日之行尽量低调，否则万一出了任何意外，以驻日代表处的影响力，几乎没有协助的余地。”
而中国大使馆与台湾驻日本代表针锋相对，中国驻日大使馆发言人6月13日晚就高金素梅赴靖国神社抗议事发表谈话称，中国台湾省人高金素梅等于6月13日来日，要求靖国神社归还二战中被日本军国主义强行送上战场并失去生命的中国台湾人牌位，他们的要求理应得到理解和尊重。据悉，日本少数右翼势力要对他们进行恐吓和骚扰，中方对此十分关注，日方应采取必要措施，确保他们在日本期间的人身安全。中国驻日大使馆领事部已向日方提出上述要求。
二、传统渔场被圈台湾渔民受辱
欲挂五星红旗
靖国纷争之外，围绕着领海问题，台湾也与日本发生了激烈冲突。就在6月9日清晨，台湾宜兰县苏澳地区渔民在外海作业的51艘船只，集结在日本与那国岛屿正北方31海里处。渔民们在船上打出了“侵占我传统渔场”、“重视渔民权益”等标语，对日方驱赶台湾渔船表示强烈抗议。导火线是：8日早上7时，台湾渔津128号渔船在北纬25度1分、东经122度40分海域作业，被四、五艘日本水产厅巡防艇驱赶，不得不割掉价值10多万新台币的渔具才摆脱日本巡艇。上午9时，又有金满祥6号、圣宏胜、新复兴266、金胜财66等4艘渔船，被日本水产厅发出警告单，连通过经济水域赴公海作业都不准。
台湾渔民们对此怒不可遏。傍晚6时30分左右，10多艘台湾渔船发现日本巡逻艇“白岭丸”越过台湾划出的“中华民国专属经济海域暂定执法线”，驱赶落单的台湾渔船。台湾渔船立刻左右包抄，准备与日本巡逻艇拼命，没想到台湾政府的海巡艇在海面出现，阻止台湾渔船进攻，护送日本巡逻艇离去。渔民们大骂台湾政府无能有如清朝军阀，海巡官兵是日本走狗，同时约定好展开一场大规模抗议。
“冰冻三尺，非一日之寒”。9日的抗议活动，是数年来被日本欺负得已经没有活路的台湾渔民内心怒火的总爆发。苏澳区渔会说，从2001年至今，先后有13艘渔船遭日本扣押。日本从前由海上保安厅执行取缔越界捕鱼，渔民一旦遭扣，每次必须付出大约6、70万新台币的担保金。现在日本改由水产厅执行取缔任务后，担保金大幅提高到日币400万，相当于新台币120多万，让渔船业主损失不轻。
有的渔民干脆建议，因为日本巡逻艇对大陆渔船比较礼遇，靠近钓鱼岛作业时也不会遭恶意刁难驱逐，正考虑找人把渔船卖到大陆，改中国籍，插上五星红旗。
记者在日本外务省中国课采访获悉，日本在台湾和日本的重迭经济海域中采取“中间线”划分法，但因为钓鱼岛归属问题，日本不承认台湾在2003年划定的“中华民国专属经济海域暂定执法线”。外务省官员说：日本与中国大陆及韩国都有渔业方面的协议。如果取得了许可，中国大陆及韩国渔民可以到日本专属经济水域捕鱼，而日本与台湾没有外交关系，从1996年（日本1996年批准《国际海洋法公约》）开始进行民间层次上的渔业谈判，已经谈了14次，还没有结果。但台湾外交部发言人吕庆龙对本报记者说：台湾渔民遭驱赶的那个海域，是台湾渔民的传统捕鱼海域，从18世纪至今已经有100多年历史了。他呼吁日本政府与台湾进行第15次谈判，对问题进行理性探讨。
三、反日浪潮猛烈冲击台湾内政
苏澳地区渔民的抗议活动等，猛烈冲击了台湾政坛，使台湾岛内充斥着反日与攻击政府无能的声浪。
亲民党立院党团总召陈志彬指出，渔船在自家门口捕鱼遭外国驱赶，政府却无能为力，那么政府还买那么多武器做什么？亲民党将协助渔民向政府要求国家赔偿。
蓝军痛批政府护渔不力让绿营立委颇为尴尬。眼见渔民怒火中烧，绿营也指出海巡署如果真的装备不足，就应该尽速说明争取预算。民进党立委王拓认为，渔民自力救济是对政府护渔不力的一种无奈抗议，他要求海巡署必须确实保护渔民，必要时应不惜“以战逼和”，让日本回到谈判桌谈判，为此需要有“不惜一战”的准备。与台湾政府的软弱相对，6月9日，中国外交部发言人刘建超就日本强行驱赶中国台湾渔民一事发表评论指出，钓鱼岛附近海域是中国渔民的传统作业渔场，日方强行驱赶在该海域正常作业的台湾渔民，是对中国主权权益的侵害。这更在台湾政坛引起轩然大波，立委陈志彬指出：等到渔民被迫挂上五星旗寻求大陆保护时，政府要如何自处？
《中国时报》发表社论指出：“对钓鱼台主权的侵犯，台湾政府没说一声抗议。连行政院教育部长都赞成台湾的政党去参拜靖国神社，你还希望它硬得起来吗？”