吴仪这次回国，在外交上确实属于异例，但却有其深刻的背景。这一举措同时也是一个信号，它标志中日政治关系已经走进了僵局，日本政府和中国政府对扭转这种僵局均已束手无策。
一、仙谷由人和菅直人国会提问尖锐犀利
在吴仪到达日本前一天的5月16日，日本众议院预算委员会召开会议。在会上，日本民主党政调会长仙谷由人和议员菅直人对小泉政府的外交政策提出了犀利质问。他们认为小泉是搞坏日中、日韩关系的罪魁祸首，使日本外交陷入“四面楚歌”状态。小泉在回答仙谷由人提问时说：“在日中关系的问题中，你们提到了靖国神社问题，我早就说过，无论什么国家，都有对战殁者进行追悼的心情，究竟采用什么样方法追悼好呢？我觉得其它国家不应该干涉。”
他还说：民主党中也有人参拜靖国神社，在国民中也有参拜好和参拜不好的种种议论。我与中国的胡锦涛主席和温家宝总理在谈话中都谈到了靖国神社问题，他们也提到不应该参拜靖国神社。我也把今天所说的理由向他们说了。现在，有关东条英机等甲级战犯的问题常常在国会里议论，而从根本上说，“恨罪不恨人”，这是中国的孔子的话。
二、武部勤与王家瑞谈话针锋相对
5月21日，自民党干事长武部勤、公明党干事长冬柴铁三及众议院邮政民营化特别委员会委员长二阶俊博访中，与中联部部长王家瑞举行了会谈，没想到武部勤竟和王家瑞唇枪舌剑地辩论起来。
武部勤说：（关于靖国神社问题）在日本的舆论中有干涉内政的说法。《日中友好条约》也明确记载着不干涉内政的条项。王家瑞说：批判参拜甲级战犯也是干涉内政吗？这不是干涉内政，也不是信仰、文化和传统的问题，我对首相参拜靖国神社非常担心，如果靖国问题不能彻底解决，建立（改善关系）框架会成泡影。武部勤表示会把他的话转达给首相。然后他又说：日本是个保障信教自由的国家，首相对参拜的时间会做出判断，但是会以私人的身份参拜。他还说：我也参拜靖国神社。同席的冬柴和二阶都认为武部的说法失当。武部说：如发生了误解，我把话撤回。会谈将要结束时，王家瑞对武部勤说：明天和胡锦涛会谈时请不要说这种话，我知道日本国内有干涉内政的说法，但这话由执政党的干事长说出来很不好。
日本执政党干事长访中向来是成功的，因为干事长是并非政府官员的身份，一般只谈笼统问题，避开敏感问题。2003年5月18-21日，日本执政三党干事长访中时，王家瑞对三干事长建议建立中日党际交流框架，还建议开设中共与日本执政党交流网页。在江泽民时代，江泽民曾对访中干事长们说：看到你们比看到首相还高兴。但这次访中，武部勤却“惹了祸”，公明党有干部说他“没有政治感觉”。
三、中国将小泉和武部勤的谈话读解为小泉仍要坚持参拜
众议院预算委员会会议在5月16日下午1时8分散会，而吴仪到达日本为17日午后，从时间上讲中国方面还没有时间细细研究小泉在会议上的发言，但到日本后小泉的发言陆续被日本媒体报道出来，加之武部勤的谈话也被传到在日访问的吴议这里。据说国务委员唐家璇和陪同吴仪访日的外交部副部长武大伟商量，决定中止吴仪和小泉的会谈，并取得了胡温同意。
因为日本出现了“干涉内政”的新说法，如果小泉对吴仪说了同样的话，中日关系只会雪上加霜，因此即使外交上有些失礼，也要中止会谈。据说在23日之前，有人就问过陪同吴仪身边的重要官员有关会见首相之事，官员用手打了个“X”的手势，并说：还没有决定。
四、中日靖国之争中的美国因素
5月26日，在东京都内召开的“亚洲未来”研讨会上，中国驻日大使王毅指出：（日本领导人）一面表明反省之意，一面去供着侵略战争领导者的地方。战争被害国的国民自然会问：日本是真的反省战争吗？出席研讨会的美国前副国务卿阿米蒂奇则说：日本人面对历史走和平道路，在战后60年间，已成为了模范市民。他还说：东北亚的民族主义上升，在政治遇到危机时，就推出民族主义。
这种说法对阿米蒂奇来讲是很微妙的，因为在小泉上任不久并参拜靖国神社后，他曾批判过小泉“对历史没有正确认识”，他也曾多次劝日本和中国搞好关系。但现在东亚共同体正在不断推进，今年12月就要在马来西亚召开第一次东亚首脑会议，除ASEAN10＋３外，还邀请了印度、澳大利亚和新西兰，却没有邀请美国。美国对此很有警戒心，他们也许开始认识到：中日友好对美国不利，因此在靖国神社问题上开始偏袒日本，激怒中国，让中日“鹬蚌相争”。