台湾总统马英九8月27日在南投县隆华国小视察灾情时指出，政府已同意达赖喇嘛来台，盼为莫拉克风灾往生者超度、为幸存者祈福。

此外，台湾总统府27日上午召开记者会，面对媒体提问，总统府发言人王郁琦指出，总统府欢迎达赖喇嘛来台参加法会，为风灾中罹难者超渡，为灾民祈福；府方评估基于人道与宗教考量，达赖来台，应该不会对两岸关系有所伤害。

对于达赖曾经致函马英九表达关心台湾灾情，王郁琦表示，根据查证结果，总统府收到信后，已于24日以总统名义回函给达赖喇嘛；回函内容，是表达感谢之意。

媒体询问，是否担心达赖来台会影响两岸关系？王郁琦指出，从去年520以来，跟过去比较起来，两岸关系已有非常多的进展，这次基于人道与宗教考量，欢迎达赖来台从事宗教活动，“我们认为这件事情，应该不会对于两岸关系有什么伤害”。

媒体追问，府方是否透过管道评估大陆的反应？王郁琦说，26日这个决定，是由政府内部自己做的决策。

另外，台湾立法院长王金平26日表示，达赖喇嘛来台主要是为88水灾灾民祈福、为亡灵超渡，完全是宗教相关活动，大陆应会站在人道立场看待，“政治效应可减至最低程度”。王金平上午在立法院主持朝野协商前受访指出，要说达赖来台对两岸不会产生任何效应，是不可能的，不过，大陆也在帮忙台湾救灾、关心台湾灾情，“这个时候应该多体谅我们”。

记者询问，民进党此时邀达赖来台，是否有政治考量？王金平说，台湾灾情惨重是事实，达赖来帮民众祈福消灾、为亡灵超渡，这是现实上需要的，功效一定很大。在这个情况下若要用政治去考量，这样不够人道，大家还是应以人道考量。

王金平指出，不期望、也不希望达赖来台有任何政治活动，这一点相信达赖会谨守政府这方面要求，两岸方面才不会造成更多误解。

此前台湾云林以南民进党籍七县市首长联名邀请西藏精神领袖达赖喇嘛于近日访台，前往“莫拉克台风”灾区慰问灾民，但是此举受到国民党的质疑，也引起中国大陆的关切。

据台湾媒体报道，高雄市政府8月26表示，达赖喇嘛已经接受邀请，安排在8月31号到9月3号前往灾区慰问灾民，高雄市长陈菊表示，希望达赖喇嘛以宗教的慈悲，为台湾多难的土地祈福，给灾民更多的安慰与支持。陈菊指出，达赖喇嘛访台将为受创的土地与人民祈福，希望台湾政府给予签证协助，让达赖喇嘛顺利成行。她说：“光是救灾，是不够的；台湾社会现在更需要的是心灵抚慰的力量。”

对于民进党执政县市首长联名邀请达赖喇嘛来台，国民党文传会主委李建荣表示不了解民进党邀请的动机为何。李建荣说，达赖过去也曾经访台，总统马英九也表示欢迎达赖在适当时机来台，至于什么是适当时机，他认为，政府相关部门应该会衡量。

在印度的达兰萨拉，达赖喇嘛办公室26日证实收到台湾民间的邀请，达赖喇嘛“非常乐意”访问台湾，如果一切顺利，“即刻可以启程”。台湾政府26日还没有确定是否会同意民进党籍七县市首长的请求，签发签证给达赖喇嘛。此前，达赖喇嘛曾经表示，希望有机会再次访台，但不希望造成台湾政府的困扰。

另一方面，大陆政府虽然也没有对此做出回应，但是台湾媒体却引用不愿具名的“大陆相关人士”说，大陆对台湾“婉拒”海协会人员前往台湾灾区慰问及大陆医疗救难队到台湾感到惋惜，现在却听到台湾南部县市邀请达赖喇嘛到灾区，令人不知作何感想。