2006年至2009年是一个重要的转换期，不仅表现为日本政坛交替，中日关系走向缓和与改善，也体现在在日华商的奋发作为。第九届世界华商大会的成功举办，更标志著日本中华总商会已成为一个非常成熟的经济团体。
商会大事记（2006-2009）
2006年
02.18 与日本华人教授会议共同举办“中国外交与中美关系”专题研讨会。
03.01 召开2006年度会员总会，选举产生了第三届理事会成员。 黄耀庭任会长。
05.27 举办第三届高尔夫球锦标赛。
06.06 接待云南省经济贸易访日代表团。
07.12 接待以河北省人民政府省长季允石为团长的访日代表团。
08.22 组团参加由国侨办和云南省人民政府主办的“首届亚太华商论坛”
10.21 组团参加新加坡中华总商会成立100周年庆典。
2007年
04.02 召开2007年度会员总会。明确2007年的工作目标为全力办好第九届世界华商大会。
06.04 黄耀庭会长率团参加在昆明举办的第二届“亚太华商论坛”，并在开幕式上发表演讲。
06.26 派青年代表团出席澳门中华总商会青年委员会成立30周年庆典系列活动。
07.22 黄耀庭会长率团参加马来西亚中华工商联合会成立60周年庆典活动。
09.15 第九届世界华商大会在神户开幕，全球3600多名华商参会。
2008年
01.07 派代表出席澳门中华总商会成立95周年大会。
03.14 召开年度会员大会，接受黄耀庭会长辞呈并推举李坚接任会长。
05.08 为欢迎胡锦涛主席访日，与日本友好团体共同举办欢迎宴会。
05.30 将本会会员为四川地震灾区捐赠的1300万日元转交驻日使馆。
08.29 举办夏季经济研讨会及临时会员大会，增选了数名理事。
10.11 举办高尔夫锦标赛。
2009年
03.06 召开年度会员大会，选举产生第四届理事会。严浩再次担任会长。
05.24 举办首届CCCJ杯高尔夫球赛。
06.13 举办夏季经济演讲会及临时会员大会，增选理事。
08.08 组团40人访问北京等地。拜访全国人大、国侨办、中华海外联谊会、全国青联和全国工商联。
10.23 与中文导报共同举办首届中日友好杯高尔夫大赛，盛况空前，共有170多名中日高尔夫爱好者参赛。
11.19 组团60余人参加在马尼拉举办为期4天的第10届世界华商大会。团员人数仅次于中国大陆及下届主办国新加坡。
商会大事记（2006-2009）
2006年
02.18 与日本华人教授会议共同举办“中国外交与中美关系”专题研讨会。
03.01 召开2006年度会员总会，选举产生了第三届理事会成员。 黄耀庭任会长。
05.27 举办第三届高尔夫球锦标赛。
06.06 接待云南省经济贸易访日代表团。
07.12 接待以河北省人民政府省长季允石为团长的访日代表团。
08.22 组团参加由国侨办和云南省人民政府主办的“首届亚太华商论坛”
10.21 组团参加新加坡中华总商会成立100周年庆典。
2007年
04.02 召开2007年度会员总会。明确2007年的工作目标为全力办好第九届世界华商大会。
06.04 黄耀庭会长率团参加在昆明举办的第二届“亚太华商论坛”，并在开幕式上发表演讲。
06.26 派青年代表团出席澳门中华总商会青年委员会成立30周年庆典系列活动。
07.22 黄耀庭会长率团参加马来西亚中华工商联合会成立60周年庆典活动。
09.15 第九届世界华商大会在神户开幕，全球3600多名华商参会。
2008年
01.07 派代表出席澳门中华总商会成立95周年大会。
03.14 召开年度会员大会，接受黄耀庭会长辞呈并推举李坚接任会长。
05.08 为欢迎胡锦涛主席访日，与日本友好团体共同举办欢迎宴会。
05.30 将本会会员为四川地震灾区捐赠的1300万日元转交驻日使馆。
08.29 举办夏季经济研讨会及临时会员大会，增选了数名理事。
10.11 举办高尔夫锦标赛。
2009年
03.06 召开年度会员大会，选举产生第四届理事会。严浩再次担任会长。
05.24 举办首届CCCJ杯高尔夫球赛。
06.13 举办夏季经济演讲会及临时会员大会，增选理事。
08.08 组团40人访问北京等地。拜访全国人大、国侨办、中华海外联谊会、全国青联和全国工商联。
10.23 与中文导报共同举办首届中日友好杯高尔夫大赛，盛况空前，共有170多名中日高尔夫爱好者参赛。
11.19 组团60余人参加在马尼拉举办为期4天的第10届世界华商大会。团员人数仅次于中国大陆及下届主办国新加坡。