当天下午至29日凌晨，瓮安县部分群众因对一名女学生死因鉴定结果不满，聚集到县政府和县公安局，引发大规模人群聚集围堵政府部门和少数不法分子打砸抢烧突发事件，县公安局、县委和县政府大楼等多间房屋被毁，数十辆车辆被焚。
省委书记三次向百姓道歉
6月30日，事件初步平息第二天一早，贵州省委书记石宗源即赶赴瓮安察看现场，指导事件处置工作。从上午9点半到次日凌晨1点半，石宗源马不停蹄，连续工作16个小时，掌握了大量第一手情况。
实地察看了被焚毁的县委老楼和一片狼藉的县政府大楼后，石宗源心情越来越沉重。
走进县公安局一楼办证大厅，这里已完全烧毁，天花板吊顶七零八落，遍地余烬还冒着黑烟。石宗源从被烧得黑洞洞的门厅出来，一言不发，甩开跟随人员，抬脚走进公安局旁一家盲人按摩小店，坐下和店主人吕小丽夫妇聊了起来。
石宗源：公安局被烧的时候，你们在不在家？害不害怕？
吕小丽：我当时就在家里。眼睛看不见，不敢出去。只听到外面闹得很凶，心里很害怕，早早就把门关了。这几天也没人来按摩了。
石宗源：贵州这么穷，最重要的是安定、团结，经济才能发展，才能过上好日子。你当初为啥选在这里开店？是不是觉得靠近公安局，有安全感？现在还感觉安全吗？
吕小丽：感觉住在这里也不安全。（欲言又止。吕小丽的丈夫一直在拉她的衣服）
石宗源：我理解你说话为什么吞吞吐吐的，不逼你说了。用贵州话说，不得安全，黑势力不除，瓮安不安。以后瓮安人拿出去，也不敢说自己是瓮安人了。对不对？这是我们党委和政府的工作没有做好，瓮安不安，群众没有安全感，坏人越来越多。你这么棒的一个小伙子（指吕小丽的丈夫）也不敢说真话，好人怕坏人。党委政府有责任，我向你们表示歉意。
……
在下午和晚上接连召开的当地人大代表、政协委员和群众座谈会上，石宗源又两次起立鞠躬，向瓮安的父老乡亲真诚道歉。
追问“深层次原因”
贵州省委3日下午在贵阳召开瓮安“6·28”事件阶段性处置情况汇报会，贵州省委书记石宗源等在会上谈了“6·28”事件的教训。
石宗源说，“6·28”事件的教训是极其深刻的。我们必须对这一事件进行深刻反思，认真汲取教训。第一，要严查彻究在此次事件中严重失职渎职的干部特别是领导干部的责任。第二，谣言止于真相。要向社会及时、真实、准确地公布事实真相。第三，要进一步稳定群众情绪。贵州的各族群众是非常淳朴善良的，也是非常通情达理的。在处置事件过程中，必须始终相信群众、紧紧依靠群众。第四，必须严厉打击各种黑恶势力。第五，必须进一步提高处置突发事件的能力和水平。
瓮安“6·28”事件处置工作领导小组组长、省委副书记王富玉分析认为，这一事件发生的原因之一，是群众的一些合法利益诉求没有得到根本解决。近年来，瓮安县经济社会得到较快发展，但在移民搬迁后期扶持、违章建筑拆除、矿权纠纷处理、国企改革改制中，出现了各种矛盾，沉积的有影响的重点信访案件就有二十多起，各种矛盾纠纷没有得到及时化解。大量积案和积怨的存在，是导致党群干群警民关系紧张，甚至出现了仇官、仇警、仇富心理的重要原因，使部分群众对党委政府的信心不足、信任不够，家属包括一部分当地民众对警方公布的李树芬死亡原因表示怀疑，以至于事态恶化，发展到不可收拾。
同时，贵州迅速启动瓮安“6·28”事件干部问责程序，干部处理已有结果。
7月4日凌晨，黔南布依族苗族自治州州委及瓮安县委组织部门在瓮安分别宣布任命庞鸿为瓮安县公安局党委书记，周胜为政委。原瓮安县委常委、县委政法委书记、县公安局政委罗来平的党内职务已被当地组织部门先行免去。4日上午11时，瓮安县人大常务委员会依法律程序任命庞鸿为县公安局局长，原局长申贵荣同时被免职。
据截稿前收到的最新消息，贵州省委和黔南州委4日对瓮安县党政主要负责人作出调整决定，县委书记王勤、县长王海平被免职。