台北市长马英九被港府拒发入境签证，引来一场政治风波。台湾的行政院要求特区政府说明拒发签证原因，否则将提出强烈抗议；而香港民主党已发动全体立法会议员联署，要求港府发出签证。
　　马英九是应香港大学新闻及传媒研究中心邀请，原定于1月12日到香港访问3天，在港大举办的“从台北看华文城市的兴起”讲座中发表专题演讲，并与美国民间组织百人会进行座谈。马英九在台湾表示，港府是在未表明任何理由下拒绝了他的入境申请。他说：“如果香港政府把我列入黑名单，是相当不智的。”据香港传媒透露，马英九未获签证是北京的决定，原因是他曾公开批评中国成立旨在抑止台独的“反分裂国家法”。
　　马英九过去曾在1998年及2001年两度前往香港访问，两次都是很快就获得同意签发入境签证，他在抵港时还受到港府的相当礼遇，包括受到特首董建华亲自接见。马英九说：“两岸关系似乎是倒退了。”他还指出，无论台湾人还是香港人，都不想看到局势往这方面发展，这对两岸关系没有好处，大家都希望看到和平和繁荣的发展。
　　负责核发签证的香港政制事务局表示，目前尚无法评论此事，保安局长李少光也不评论事件；港府发言人表示，不会做进一步的补充，只强调欢迎马英九今年稍后在适当的时候再来港。大陆专家认为，马英九为了将来竞选总统，他反对“反分裂国家法”是可以理解的，但北京现已把支持或反对“反分裂国家法”看成大是大非的问题，现在两岸关系非常敏感，当然不会允许马英九到港。
　　台湾的行政院要求香港特区政府说明马英九被拒发签证的原因，发言人陈其迈表示，如果无合理解释，台湾政府将提出强烈抗议。陈其迈指出，近年台湾官员申请到香港，经常遇到困难，导致台港关系倒退，特区政府要负责。行政院陆委会副主委邱太三说，港府的行动对台港交流是一个严重的挫伤，希港府重新审视台港交流政策。