11月9日,台湾教育部门在网上公告《高中历史课程纲要草案》。并称该草案计划在2006年实施的历史纲要中，将“台湾史”与“中国史”分开，除将孙中山创建中华民国的历史放入“中国史”外，同时将“台独”分子奉为“台湾地位未定论”法理基础的《旧金山和约》等正式列入新的历史课程中。以1945年为界，将“中华民国史”一分为二：之前列入中国史，之后列入台湾史，各自独立成册。这在台湾社会引起激烈争论。
　　国民党发言人张荣恭指出，这种做法是“教育台独”，也是“台独”脚步加快，对于两岸关系非常危险。长期钻研历史、无党籍“立委”参选人李敖带着大量历史书籍，来到福华饭店举行记者会。他直言，舍弃国际认同的《开罗宣言》，台湾定位就像私生子，会贻笑国际。台湾部分历史学者指出，历史教科书应尊重史实，避免掉入统“独”、蓝绿之争。不少老师在接受媒体采访时表示，这样的分割，是主政者依自己的意识类型来更改，并非史实，不是史实就是没有史德的做法，没法教下去。
　　有的学者还说，抗日战争胜利后，当时的中国政府就是依据《开罗宣言》收回了台湾的主权，这个宣言当时得到了国际社会的公认，具有国际效力，这段历史是不能篡改和歪曲的。
　　文化大学史学系教授王仲孚说，中国经过抗日战争收复台湾，是一个历史事实，没有任何国家提出异议；现在却是台湾自己提出异议，让人“奇怪和错乱”。他认为，《开罗宣言》是第二次世界大战期间的一个重大宣示，绝不是“空言”，是有国际法效力的。现在民进党当局以大陆和台湾都不承认的《旧金山和约》作为“台湾地位未定论”的理论基础，是在刻意推进“文化台独”，制造“台独”思潮，企图改变台湾青年的历史观，造成的影响和后果将是十分严重的，“当引起人们的高度警惕”。
　　台湾一些知名学者在接受新华网记者采访时表示，台湾当局公布新的高中历史课程纲要是推动“渐进式台独”的重要步骤，是以歪曲历史、割裂台湾与大陆关系、宣扬“台湾地位未定论”等方式欺骗愚弄民众，为实现“台独”图谋进行思想上和舆论上的准备。
　　世新大学教授王津平认为，推出新的历史课程纲要是民进党搞“文化台独”过程中蓄谋已久的。一段时间以来，台湾当局不断玩弄两面手法，一边讲要“改善两岸关系”，“追求两岸和平”，一边不断推动“渐进式台独”。新的历史课程纲要把“台湾史”与“中国史”分开，并对历史进行选择性利用，为其“台独”图谋服务。