10月3日农林水产省公布，在污染大米事件被曝光前，农林水产省大米相关部门的多名职员曾接受过购入污染大米企业的招待或礼物。而这些企业中就包括问题最为严重的“三笠食品”公司。

根据农水省的调查，接受招待的是12名在农林水产省以及地方农政事务所负责大米相关业务的职员。除了已被废除的农水省下设机构食粮厅职员，于2001年在居酒屋接受大米零售组织干部的招待外，从2005年到2008年间，农政事务所多名职员曾参加仓库管理单位主办的新年会，接受招待。还有部分职员曾接受“三笠食品”的礼品。

农水省认为此类行为涉嫌违反国家公务人员伦理法，因此将与国家公务人员伦理审查会进行协商，对相关人员进行处分。

遭农药等污染的问题大米非法倒卖事件发生以后，日本农林水产省10月3日开始销毁政府持有的问题大米。山口县下关市垃圾处理场等5地当日共处理了约4.9吨问题大米。该省计划总共销毁约240吨。

销毁措施是杜绝非法倒卖事件的环节之一。农水省正考虑要求厂商在大米相关产品上标注原料大米原产国，以及通过修订《粮食法》加强对大米商家的监管。预计11月内将总结出措施的基本框架。

当日，保管在市内港口的约3.6吨（约120袋）问题大米被运至下关市垃圾处理场，然后处理场的工作人员将米袋扔进普通垃圾收集场。在现场察看的农水省粮食贸易科贸易业务管理官渡边宏树表示，“希望和各地方政府进行合作，重建国民对大米的信赖”。

当日还在北海道小樽市、钏路市、函馆市以及茨城县水户市等4处进行了同样的销毁措施。

日本农相石破茂9月30日造访了熊本县的清酒酿造商“美少年酒造”，就因三笠食品非法倒卖污染米造成该公司约3万瓶酒撤架一事称“如果我们恪尽职守就不会发生这种事。对此深表歉意”，对农林水产省的监管不力表示了道歉。

美少年酒造今年1至5月购入了32吨污染米用于制造低价位的七种清酒，后经九州农政局等调查发现原料米中混有受农药污染的越南米。公司决定销毁已上市的3万瓶及库存的38万瓶清酒，所需费用据称将超过1亿日元。