台湾负责两岸关系的行政院大陆委员会，暂时被改称为“ 大陆事务办公室”，引发外界认为其遭到“ 裁撤”、“降级”的联想。台湾行政院9月8日晚宣布组织改造的重大变革，原先的37个部、会缩减至22个，其中陆委会并入行政院本部。陆委会和行政院相关单位皆否认，陆委会并入行政院内部机关形同“裁撤”。
　　陆委会副主委兼发言人邱太三8日表示?“ 正确说法应该是‘调整’。”陆委会提升为行政院本部单位，将拥有两岸事务的决策权。行政院实际上是各级县市的上级主管机关，过去涉及两岸问题，陆委会只能扮演协调角色，一旦提升陆委会位阶，将使大陆事务决策体系更完整。
　　即将成为“末代主委”的陆委会主委吴钊燮，对于这次的组织调整表示“乐观其成”。他响应说?“陆委会不是被裁撤，而是并入行政院，达到组织瘦身、强化功能的目的”。他表示，未来大陆事务办公室直接隶属行政院长，办公室主任由行政院政务委员（相当于不管部长）兼任，位阶将高于一般的部会。
　　总统府高层人士透露，将陆委会改为“大陆事务办公室”，并且从中央到地方设置“ 对陆办”，是总统陈水扁酝酿已久的新思维，与“五二零”就职以来的两岸政策环环相扣。高层人士指出，陈水扁认为两岸关系已经从早期纯政治议题，衍生为“全面挑战”，有必要让政府处理两岸事务的运作架构更有效率，另一方面，则是“对等”响应对岸从中央到地方设置“对台办”的作法。在野党批评，行政组织改造裁撤陆委会，是民进党政府走向台独的开始。国民党立院党团书记长黄德福认为，“对陆办”虽并入行政院，但大陆决策权在总统手上，总统与阁揆的决策会出现混乱，这次部会调整完全是不尊重专业的表现。他批评，中国大陆的国台办是包括法政、文化、经济等的庞大组织，可是台湾的“对陆办”只是像行政院发言人室般聊备一格的机关，是在走回头路。
　　对台湾行政院组织改造，中国官员不愿表示意见，涉台学者则认为，就提升两岸事务层次分析，不算坏事，但这是否是对两岸的善意，抑或只是单纯的行政体系改造，还尚待观察。